مشخصات پژوهش

عنوان	فراتحلیل مطالعات ترنسکریپتومی صورت گرفته در گیاهان تحت تنش سرما و بررسی تاثیر ملاتونین بر برخی ویژگی های فیزیولوژیکی گیاه توت فرنگی رقم پاروس تحت تنش سرما
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	آبسیزیک اسید، اسمولیت ها، ژن های مقاومت به سرما، تنش سرما، توالی یابی آر ان ای، فراتحلیل، توت فرنگی، ملاتونین
چکیده	تنش دمایی یکی از شایع ترین تنش های محیطی است که از طریق ایجاد آسیب های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی، سبب کاهش عملکرد در گیاهان می شود. راهکار های متعددی مانند به نژادی و همچنین کاربرد برخی مواد شیمیایی و تیمار تنظیم کننده های رشد جهت مقابله با تنش های محیطی از جمله تنش سرما وجود دارد.براین اساس این پژوهش متشکل از دو بخش است. در بخش نخست 2 پژوهش جداگانه با هدف شناسایی ژن های مشترک و محافظت شده ای که در شرایط تنش سرما به گیاهان برای کاهش آسیب های ناشی از تنش کمک می کنند، به منظور کاربُرد در به نژادی گیاهان توسط اصلاح گران و در بخش دوم نیز 2 پژوهش در راستای بررسی اثر گذاری هورمون ملاتونین جهت کاهش آسیب های ناشی از تنش سرما در گیاه توت فرنگی صورت گرفته است. در بخش اول فراتحلیلی بر روی داده های حاصل از پژوهش های ترنسکریپتومی مختلفی که در آن ها توالی یابی RNA، در ارقام حساس و مقاوم برخی گونه های گیاهی تحت تنش سرما، صورت گرفته بود، انجام شد. حجم عظیمی از داده های حاصل از توالی یابی RNA ، در بررسی های ترنسکریپتومی، در گیاهانی که در معرض انواع مختلف تنش های محیطی قرار گرفته اند ایجاد شده است. با بکارگیری روش فراتحلیل، مقایسه این داده ها ممکن می شود و می توان به کمک آن ویژگی های مولکولی حفاظت شده (ژن ها، مجموعه های ژنی، مسیر ها، شبکه های ژن/پروتئین) مرتبط با مکانیسم های اساسی در تحمل/مقاومت به انواع تنش ها را در بین گیاهان مختلف شناسایی کرد. جستجو در بین پژوهش های دارای معیار های مورد نظر، منجر به انتخاب 6 پژوهش و دریافت داده های خام آن ها از پورتال NCBI SRA ، جهت انجام تجزیه و تحلیل های بعدی گردید. برنامه ها و نرم افزار های مختلفی در چهارچوب مورد نیاز برای انجام این فراتحلیل مورد استفاده قرار گرفت. در مرحله نخست جهت تجزیه و تحلیل داده های خام دریافت شده از نتایج توالی یابی های RNA در پژوهش های انتخاب شده، از NCBI SRA Toolkit، Cutadapt، HISAT2، edgeR، blastp استفاده شد. در مرحله بعد نرم افزار های MapMan، PageMan و NetworkAnalyst جهت بررسی عملکردی ژن های افتراقی بدست آمده از تجزیه و تحلیل های مرحله نخست بکار گرفته شد. این فراتحلیل منجر به شناسایی 15553 ژن شد. از این تعداد، 7714 ژن، افزایش بیان داشته و 7889 ژن کاهش بیان نشان دادند. تعداد کل ژن هایی که در همه تجزیه و تحلیل ها به صور
پژوهشگران	منصور غلامی (استاد راهنما)، ساناز یوسفی (دانشجو)، فدریکو مارتینلی (استاد مشاور)، حسن ساری خانی (استاد مشاور)