مشخصات پژوهش

عنوان	مونتاژ قابل برنامه ریزی مبتنی بر DNA نانو ذرات طلا برای تشخیص هدف های نوکلئیک اسیدی
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	نواژه های کلیدی: نوکلئیک اسیدهای کروی (SNAs)، نانوذرات طلا (AuNPs)، مونتاژ قابل برنامه ریزی مبتنی بر DNA، تشخیص رنگ سنجی، تشخیص فلوریمتری،HIV-1 SARS-CoV-2، miRNA-30a، گوشی های هوشمند.
چکیده	در این پایان نامه از قابلیت برنامه ریزی ذاتی DNA برای توسعه پلتفرم های رنگ سنجی و فلوریمتری به منظور تشخیص بیماری-های عفونی و بیومارکرهای مولکولی سرطان بر اساس مونتاژ نوکلئیک اسیدهای کروی حاوی هسته نانوذره طلا (SNAها) استفاده شده است. توسعه حسگرهای زیستی (رنگ سنجی و فلورومتری) مبتنی بر SNAهای حاوی هسته های AuNP، موضوعی است که از طریق ادغام ویژگی های پلاسمونیک وابسته به فاصله AuNPها و ماهیت قابل برنامه ریزی فعل و برهمکنش های DNA-DNA انجام می شود. در مرحله اول تحقیق، یک روش رنگ سنجی ساده را برای تشخیص RNA ویروسی ویروس نقص ایمنی انسانی نوع 1 (HIV-1) بر اساس یک سیستم مونتاژ تک جزئی از SNAها توسعه داده شد. در این بخش یک لینکر پالیندرومیک 6 نوکلئوتیدی به عنوان کاوشگر ژنوم (HIV-1) طراحی شد. این سیستم حدود 3 تا 4 ساعت زمان برای ایجاد یک سیگنال رنگ سنجی قابل تشخیص نیاز داشت. در بخش بعد، سینتیک تشکیل مونتاژ سیستم های تک جزئی به طور سیستماتیک با طراحی انواع لینکرهای پالیندرومیک مورد بررسی قرار گرفت. در این بخش ما دریافتیم که سینتیک تشکیل مونتاژ در سیستم های تک جزئی مبتنی بر لینکر، به طول و محتوای GC دم پالیندرومیک بستگی دارد و لینکرهایی با توالی های پالیندرومیک 4 نوکلئوتیدی منجر به سینتیک تشکیل مونتاژ سریع تر و تغییر رنگ شدیدتر(کمتر از 10 دقیقه) نسبت به توالی های پالیندرومیک 6 نوکلئوتیدی (با محتوای GC 100 ٪) می شود. همزمان با شیوع بیماری COVID-19، یک استراتژی رنگ سنجی ساده مبتنی بر PCR معمولی برای تشخیص مولکولی SARS-CoV-2 ایجاد شد. این استراتژی قدرت تقویت کنندگی PCR و قابلیت برنامه ریزی مونتاژ SNAها را برای ارائه یک روش تشخیصی قابل اعتماد و مقرون به صرفه ادغام نمود. یک لینکر با دم پالیندرومیک 4 نوکلئوتیدی برای ارائه یک پاسخ رنگ سنجی سریع و شدید پس از اجرای PCR طراحی شد. لینکر طراحی شده مکمل بخشی از توالی هدف بود که بین سایت های اتصال جفت پرایمر ویژه در PCR قرار داشت و می-توانست از طریق فعالیت ′5 اگزونوکلئاز آنزیم DNA پلیمراز تجزیه شود. اگر توالی الگوی هدف ( یعنی توالی رونویسی شده از روی RNA ویروس SARS-CoV-2) در نمونه اصلی وجود داشته باشد، لینکر پالیندرومیک طی فرآیند PCR متلاشی شده و با افزودن محلول SNA هیچ تغییر رنگی در محلول مشاهده نمی شود. در صورت عدم حضور توالی الگو، لینکر
پژوهشگران	معصومه حسنی موسوی (استاد راهنما)، عباس کرمی (دانشجو)