|
عنوان
|
بررسی برخی ژن های موثر بر چند قلوزایی و ترانسکریپتوم تخمدانی میش در چرخه فحلی
|
|
نوع پژوهش
|
پایان نامه
|
|
کلیدواژه‌ها
|
ترانسکریپتوم، نشانگر زیستی، سلول های گرانولوزا، سرنوشت فولیکولی، چرخه فحلی، میش
|
|
چکیده
|
رشد فولیکول های تخمدانی میش در خلال فصل تولیدمثل در هر دو فاز فولیکولار و لوتئال از چرخه فحلی و همچنین در خارج از فصل نیز اتفاق می افتد. این درحالی است که فولیکول ها تحت تأثیر هورمون های اندوکرینی کاملاً مجزا قرار می گیرند. از میان مخزن فولیکول های کوچک تخمدان میش، تنها یک یا دو عدد می توانند بالغ شده و به مرحله تخمک ریزی برسند. غالباً با افزایش نرخ فولیکول زایی و تخمک ریزی در متعاقب منجر به افزایش توان باروری میش نیز خواهد شد. تاکنون ارتباط های معنی دار بسیاری بین چندشکلی-ها در ژن های بزرگ اثر و یا کاندید با نرخ پرولیفیکاسی به اثبات رسیده است. فولیکول های آنترال کوچک در تمام گامه های تخمدان مشخصات ظاهری و بافت شناسی یکسان را به عنوان مخزن فولیکول های تخمدانی تا رسیدن به فولیکول زایی نهایی دارند. لذا به دلیل ابهامات بسیار از سرنوشت این دسته از فولیکول های تخمدانی از جنبه های مولکولی، تصمیم به شناسایی و مقایسه ی پروفایل جامع از ترانسکریپتوم سلول های گرانولوزای میش از فولیکول های آنترال کوچک (1-3 میلی متری) در فازهای فولیکولار و لوتئال از چرخه فحلی و همچنین در فصل غیر تولیدمثلی شد. نمونه سلول های گرانولوزا از تخمدان های تعداد 8 میش نژاد رومان فرانسوی پس از همزمان سازی فحلی طی فازهای فولیکولار (4 میش) و لوتئال (4 میش) دریافت شدند. نمونه های خارج فصل از دو دسته تخمدان های کشتارگاهی نژاد مهربان در اواخر تیرماه حاصل شدند. پس از استخراج RNA و تعیین کمیت، خلوص و کیفیت، ساخت کتابخانه cDNA انجام شد. تعداد ده نمونه بصورت paired end به روش تکنولوژی RNA-seq به وسیله دستگاه Illumina HiSeq 3000 توالی یابی شدند. از ابزارهای بیوانفورماتیکی از قبیلFastqc ، STAR 2، Samtools، Rmdup، Sigcufflinks، SARTools، DESeq2 و غیره تحت زبان برنامه نویسی R و همچنین Galaxy از پلاتفورم بیوانفورماتیک Toulouse Midi-Pyrénées جهت آنالیز 20 نمونه حاصله از خوانش های شماره 1 و2 استفاده شدند. بر حسب شاخص FPKM، تعداد 14354 و 14208 ژن به ترتیب در فاز فولیکولار و لوتئال تخمدانی از چرخه فحلی بیان شدند و همچنین تعداد 14686 ژن نیز در فاز آنستروس از فصل غیرتولیدمثلی بیان شدند. ضمناً تعداد 659، 332 و 822 ژن به طور اختصاصی به ترتیب در فاز فولیکولار، لوتئال و آنستروس در سلول های گرانولوزای فولیکول های آنترال کوچک بیان
|
|
پژوهشگران
|
احمد احمدی (استاد راهنما)، رضا طالبی (دانشجو)، فضل اله افراز (استاد مشاور)
|