انسفالیتوزونیس یک بیماری مشترک بین انسان و خرگوش است که عامل آن یک تک یاخته داخل سلولی اجباری به نام انسفالیتوزون کانیکولی از خانواده میکروسپوریده آ می باشد. آلودگی به این انگل سبب بروز فلجی، تشنج و مرگ در خرگوش ها می شود. برای تشخیص این انگل پاتوژن، از روش های مختلف ازجمله روش های مولکولی استفاده می شود. هدف از این مطالعه بررسی وضعیت آلودگی انسفالیتوزون کانیکولی در خرگوش های اهلی همدان به روش های مولکولیPCR)) و هیستوپاتولوژی بوده است. تعداد 48 سر خرگوش اهلی، با گاز کلروفرم کشته شده و نمونه های مغز جهت تشخیص DNA انگل به روش PCR و نمونه های مغز و کلیه جهت مطالعه هیستوپاتولوژی به منظور مشاهده انگل مورد آزمایش قرار گرفتند. نتایج آزمون PCRنشان داد که از بین 48 سر خرگوش، 27 مورد ( ٪25/56 ) به انسفالیتوزون کانیکولی آلوده بودند. آزمایش هیستوپاتولوژی 2مورد (٪16/4) آلودگی به انسفالیتوزون کانیکولی را نشان داد. این مطالعه نشان داد که آلودگی به انسفالیتوزون کانیکولی در خرگوش های اهلی همدان وجود دارد و روش PCR در مقایسه با روش هیستوپاتولوژی از حساسیت بیشتری برای تشخیص این انگل در بافت های بدن خرگوش برخوردار است