گونه های جنس بارتونلا باکتری های بیماری زای کم تر شناخته شده ای هستند که طیف وسیعی از حیوانات اهلی، وحشی و هم چنین انسان ها را آلوده می کنند. در حال حاضر بیماری زایی حداقل 17 از 40 گونه/زیرگونه از این باکتری ها در انسان و حیوانات شناخته شده است. اما علی رغم اینکه عفونت های بارتونلایی از عوامل بیماری زای مشترک بین انسان و دام می باشند، اطلاعات محدودی در مورد میزان فراوانی و انواع گونه های آلوده کننده ی سگ ها و گربه ها در ایران وجود دارد. این مطالعه با هدف شناسایی مولکولی گونه های مختلف بارتونلا در سگ ها و گربه ها و ناقل های بندپای آن ها در شهرستان های همدان وکرمانشاه انجام گرفت. DNA ژنومیک خون 100 قلاده سگ شامل سگ های خانگی، خیابانی و پناهگاهی شهرستان های همدان (45 قلاده سگ) و کرمانشاه (55 قلاده سگ) و نیز 87 قلاده گربه شهرستان های همدان (26 قلاده گربه) و کرمانشاه (61 قلاده گربه) از هر دو جنس ماده و نر استخراج شد. همچنین DNA ژنومیک 25 کک کتنوسفالیدس کنیس، 6 کک پولکس ایریتانس و 12 کنه ریپیسفالوس سنگویینئوس که از 9 سگ آلوده جمع آوری شده بود استخراج شد. نمونه ها با استفاده از PCR معمولی جهت شناسایی قطعاتی از ژن های ITS، rpoB و gltA اختصاصی جنس بارتونلا بررسی شدند. درنهایت توالی نوکلئوتیدهای نمونه های مثبت مورد آنالیز فیلوژنتیکی قرار گرفتند. از 100 قلاده سگ بررسی شده تعداد 14 قلاده سگ (10 قلاده از همدان برابر 2/22 درصد جمعیت مورد مطالعه و 4 قلاده از کرمانشاه برابر 2/7 درصد) و از 87 قلاده گربه ی بررسی شده تعداد 9 قلاده گربه (1 قلاده از همدان برابر 84/3 درصد و 8 قلاده از کرمانشاه برابر 11/13 درصد) آلوده به گونه های بارتونلا گزارش شدند. نتایج توالی یابی نشانگر آلودگی به بارتونلا وینسونیای تحت گونه برخوفیای و کاندیداتوس بارتونلا مریوکسیای در سگ ها و آلودگی به بارتونلا هنسله و بارتونلا کلاریژیه در گربه های هر دو منطقه بود. هیچ یک از نمونه های کک آلوده تشخیص داده نشدند اما یک کنه ریپیسفالوس سنگویینئوس از یک سگ که فاقد آلودگی در خون خود بود واجد DNA بارتونلا تشخیص داده شد. نتایج مطالعه ی حاضر نشان داد که سگ ها و گربه های همدان و کرمانشاه آلوده به گونه های مختلف زئونوتیک بارتونلا هستند که اهمیت این بیماری را در منطقه مشخص می کند. کنترل موثر انگل های خارجی، معاینه منظم سگ ها و گر