جداسازی جریان پایه یکی از موضوعات مهم در هیدرولوژی و مدیریت منابع آب می باشد. روش های مختلفی تاکنون برای جداسازی جریان پایه در رودخانه و چشمه های کارستی مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه از بسته HYSEP و روش های فیلتر دیجیتال بازگشتی (RDF) استفاده شد. همچنین از تبدیل موجک به عنوان یک ابزار جدید، برای جداسازی جریان پایه روزانه دو چشمه کارستی، گاماسیاب در شهرستان نهاوند و کهمان در شهرستان الشتر استفاده شده است. روش های ADUKIH و FAUKIH نیز در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته و به منظور مقایسه آنها با روش های دیگر، شیوه ای اتخاذ گردید که بتوان این مقایسه صورت پذیرد، لذا روش های ADUKIH و FADUKIH اصلاح شده ارائه گردید. دوره آماری مورد استفاده برای چشمه گاماسیاب یک دوره 49 ساله (سال آبی 49-1348 تا 97-1396) و در چشمه کهمان یک دوره آماری 27 ساله (سال آبی 71-1370 تا 97-1396) بوده است. به منظور بررسی دقت روش ها، از روش محتوای ایزوتوپی و شیمی نگار با داده های کیفی نمونه برداری در سال آبی (97-1396) در دو چشمه استفاده شده است. نتایج بیانگر آن است که با توجه به معیارهای ارزیابی ضریب تعیین، جذر میانگین مربعات خطا و ضریب تعیین تعدیل شده، روش FADUKIH اصلاح شده در دو چشمه گاماسیاب و کهمان دارای بهترین عملکرد بوده است. این روش مقدار جریان پایه دو چشمه گاماسیاب و کهمان را به ترتیب 78/3 و 43/2 مترمکعب در ثانیه، معادل 96 و 93 درصد آبدهی چشمه ها برآورد نموده است. بعد از این روش، تبدیل موجک دارای عملکرد مناسبی بوده است. به طوری که مقدار جریان پایه برآوردی با آن در چشمه های گاماسیاب و کهمان به ترتیب 78/3 و 48/2 مترمکعب در ثانیه، معادل 96 و 95 درصد آبدهی چشمه ها بوده است. روش RDF با الگوریتم های سه پارامتری، لینه و هولیک و اکهارت و روش های فواصل ثابت و جابه جاشونده از بسته HYSEP در رتبه های بعدی قرار گرفتند. بررسی منحنی فرود در دو چشمه گاماسیاب و کهمان نشان داد که حجم آب باقیمانده در سفره آبدار در بالای سطح تراز چشمه گاماسیاب و کهمان به ترتیب 79/38 و 90/12 میلیون مترمکعب می باشد. همچنین حجم آب زیرزمینی ذخیره شده در سفره آبدار در شروع فروکش در چشمه های گاماسیاب و کهمان به ترتیب 64/73 و 31/36 میلیون مترمکعب محاسبه شده است. بنابراین حجم آب تخلیه شده در مدت فروکش برای چشمه گاماسیاب 85/3