پدیده خشکسالی با کاهش بارش در یک دوره معین نسبت به میانگین درازمدت همان دوره آغاز شده و همواره با افزایش درجه حرارت محیط همراه است. شوری آب رودخانهها نیز متاثر از تغییرات درجه حرارت محیط است. هدف از این پژوهش بررسی خشکسالی هواشناسی بر کیفیت آبهای سطحی دشت مشهد- چناران و اثرات احتمالی آن بر تولید محصولات کشاورزی انجام شده است. یک دوره پیوسته شاخص بارش سالهای آبی 1362 تا 1392 مدنظر قرار گرفت و تحلیل خشکسالی با استفاده از شاخص بارش استاندارد شده (SPI) انجام شد. تغییرات کیفی آب رودخانهها در دورهی بروز خشکسالی با استفاده از آمار طولانی مدت 4 ایستگاه هیدرومتری فعال دشت مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد غلظت املاح محلول (TDS)، هدایت الکتریکی (EC)، مقدار یون سدیم و کلر، نسبت جذب سدیم (SAR) و درصد سدیم محلول (SSP) از جمله شاخصهای کیفیت آب هستند که افزایش همگی آنها در دوره شاخص خشکسالی در ایستگاههای هیدرومتری مشاهده گردیده است. افزایش این شاخصها در آب رودخانه-های منطقه طی سالهای خشکسالی موجب کاهش کیفیت آب برای شرب، کاهش نفوذپذیری خاک، تجمع بیشتر نمک در محدوده توسعه ریشه گیاهان و در نهایت کاهش عملکرد محصولات کشاورزی خواهد بود.