متابولیت های ثانویه گیاهی را می توان به چهار دسته اصلی طبقه بندی کرد: ترپنوئیدها، ترکیبات فنلی، آلکالوئیدها و ترکیبات حاوی گوگرد. این فیتوکمیکال ها می توانند ضد میکروبی باشند، به عنوان جاذب/ دافع، یا به عنوان بازدارنده در برابر گیاهخواران عمل کنند. تبدیل زیستی یک تکنیک مهم برای تولید متابولیت ها است و به عنوان تبدیل بخش کوچکی از مولکول شیمیایی توسط سیستم بیولوژیکی تعریف می شود. این یک روش مفید برای تولید مولکولهای قوی جدید، غلبه بر مشکلات مرتبط با واکنشهای سنتز شیمیایی/افزایش بهرهوری و ارائه اطلاعات اولیه مورد نیاز برای روشن کردن مسیرهای بیوسنتزی است.
