متابولیتهای ثانویه ترکیبات آلی هستند که به طور مستقیم در رشد طبیعی یا تولید مثل یک ارگانیسم نقشی نداشته اما نقش مهمی در دفاع گیاهان در مقابل گیاه خواری و دیگر حفاظت های درون گونه ای دارند. استراتژی ها برای افزایش تولید محصولات میکروبی می تواند براساس پاسخ میکروبی، مهندسی ژنتیک، مهندسی متابولیک و مهندسی ریبوزوم باشد. همچنین روش های بهبود ژنتیک مولکولی شامل تکثیر ژن های بیوسنتزی SM، غیرفعال سازی مسیرهای رقابتی، تخریب یا تکثیر ژن های تنظیم کننده، دستکاری مکانیسم های ترشحی، بیان پروتئین هترولوگوس و بیوسنتز ترکیبی می باشد. استراتژی های افزایش تولید محصولات میکروبی شامل استخراج و دریافت حد نصاب است. عوامل استخراجی، به عنوان فاکتورهای استرس، بیوسنتز متابولیت های ثانویه افزوده شده به سیستم های بیولوژیکی را تحریک یا تقویت می کند. دریافت حد نصاب، ارتباط بین سلول ها از طریق رهایش سیگنال های شیمیایی زمانی که دانسیته سلول به آستانه غلظت می رسد، است.
