درک اینکه یک فرآیند چگونه کار می کند، لازمه ی طراحی و بهره برداری موفق از آن فرآیند می باشد هضم بی هوازی یک فرآیند بیوشیمیایی پیچیده ی چند مرحله ای است که شامل یک سری واکنش های میانی است که توسط گروه های مختلفی از میکروارگانیسم های بی هوازی صورت می گیرد در این پژوهش شبیه سازی بر پایه ی دینامیک سیالات محاسباتی CFD سه بعدی جفت شده با واکنش ها در یک راتور نیمه پیوسته ی پلاگ انجام شد. از نرم افزار تجاری FLUENT 6.3 برای حل معادلات حاکم استفاده شد. شبیه سازی جریان دو فازی گاز - مایع با استفاده از مدل چند فازی اولر و مدل آشفتگی k-ε و RNG انجام شد هیدرودینامیک و واکنش های هضم بی هوازی درون راکتور از روش قاب مرجع چندگانه MRF مورد بررسی قرار گرفت.