معدن شاکین از نظر ساختمانی متعلق به زون آبگرم (ایران مرکزی) است زون آبگرم در بخش جنوبی رشته کوه البرز واقع شده است امتداد آن شمال غرب جنوب شرق است. لایه ها توسط گسل های طولی و عرضی جابجا شده اند و شیب آنها در دامنه جنوب وعدن به سمت شمال است این کانسار در آهک های ماسه ای دولومیتی کرتاسه پایینی قرار دارد.
