منطقه لکه سیاه در پهنه ایران مرکزی و در فاصله 40 کیلومتری شمال شرقی شهرستان بافق در استان یزد واقع شده است. واحدهای سنگی منطقه از نظر سنی به کامبرین زیرین تعلق دارند و شامل ریولیت، آندزیت و سنگ های آذرآواری می باشند که بافت غالب آن ها پورفیری تا گلومروپورفیری است. سنگ های آذرین درونی منطقه که به شکل استوک و دایک جایگزین شده اند ترکیب مونزونیتی و دیوریتی داشته و بافت آن ها اینترگرانولار و گرانولار می باشد. طبق شواهد ژئوشیمیایی این سنگ ها متعلق به سری ماگمایی کالک آلکالن بوده و متاآلومینوس تا پرآلومینوس هستند. الگوی توزیع عناصر نادر خاکی در کانی آپاتیت کانسار غنی شدگی LREE نسبت به HREE نشان می دهد؛ که این الگو یکی از مشخصه های کانسارهای آهن تیپ کایرونا می باشد. همچنین غنی شدگی از LILE (مانند Rb، Ba، La، U، K و Th) و تهی شدگی از HFSE (مانند Nb، Ta، Zr و Y) نیز در سنگ میزبان دیده می شود که از ویژگی های شاخص ماگماتیسم پهنه های فرورانشی است. بر اساس میزان غلظت عناصر کمیاب و فرعی؛ سنگ های آتشفشانی و نفوذی از لحاظ تکتونیکی متعلق به محدوده کمان ماگمایی می باشند. شواهد نشان می دهد که ماگمای نخستین این سنگ ها محصول ذوب بخشی پوسته اقیانوسی فرورونده در پهنه فرورانش و در طی بسته شدن حوضه اقیانوسی پروتوتتیس حاصل شده است. ماگمای اکسیدی غنی از آهن و فسفر که از تفریق ماگماهای مافیک اولیه حاصل شده است از طریق گسل ها و شکستگی ها به سطوح بالاتر منتقل شده است. مطالعه ترکیب ایزوتوپی اکسیژن و هیدروژن کوارتز همراه با کانسنگ مگنتیت در این کانسار و محاسبه سیال در تعادل با آن نشان می دهد که سیال کانه زا در این کانسار منشا ماگمایی داشته است.
