تاتوره (Datura stramonium) یک گیاه دارویی مهم است. این گیاه به عنوان یک گیاه مدل، از نظر تولید تروپان آلکالوئیدها، به طور کامل شناخته شده است. به نظر می رسد که تا به امروز، بجز یک مورد، تنوع ژنتیکی این گیاه با استفاده از نشانگرهای مولکولی مطالعه نشده است. بنابراین، این تحقیق جهت بررسی تنوع ژنتیکی بین 12 جمعیت تاتوره مناطق مختلف ایران، با استفاده از 25 صفت زراعی-ریخت شناختی و 17 نشانگر مولکولی ISSR و 10 نشانگر مولکولی RAPD انجام شد. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که بین جمعیت ها از نظر تمامی صفات مورد مطالعه تفاوت معنی داری (p<0.05) وجود داشت به طوری که این نتیجه نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا در بین جمعیت های تحت مطالعه است. براساس نتایج مقایسه میانگین ها جمعیت (9)ورداورد دارای بیش ترین و جمعیت (7) ساری دارای کم ترین مقدار عملکرد دانه بودند. نتایج نشان داد که صفات عملکردبیولوژیک، وزن خشک اندام هوایی، عملکرد میوه، وزن خشک پوسته کپسول و تعداد دانه در بوته دارای همبستگی معنی دار ِمثبت با عملکرد دانه بودند. بر اساس نتایج همبستگی ، صفت عملکرد میوه بیش ترین نقش را در افزایش عملکرد دانه داشت. بر اساس تجزیه خوشه ای جمعیت ها در 3 خوشه قرار گرفتند. بر اساس نتایج تجزیه به مؤلفه های اصلی صفات تلاش تولیدمثلی، شاخص برداشت دانه، شاخص برداشت میوه، میانگین وزن میوه، میانگین تعداد دانه در میوه و میانگین وزن دانه های یک میوه به همراه جمعیت ورداورد در ناحیه سوم بای پلات قرار گرفتند. بر این اساس جمعیت ورداورد می تواند جهت آغاز گزینش به منظور تولیدیک واریته دانه ای و همچنین جمعیت ورداورد جهت آغاز گزینش برای ایجادیک واریته برگی و دوکاربرده (دانه و برگ) استفاده شود. نتایج 17 آغازگر ISSR نشان داد که در مجموع 158 باند با چندشکلی حدود 75 درصد به دست آمد. نتایج 10 آغازگر ISSR نشان داد که در مجموع 158 باند با چندشکلی 75 درصد به دست آمد. در این میان آغازگرهای 1IS، 8IS و 11IS با مقدار 100 درصد بهترین آغازگرها بودند. همچنین نتایج 10 آغازگرRAPD نشان داد که در مجموع 115 با چند شکلی 63 درصد به دست آمد. آغازگر3RAPD با مقدار 7/81 درصد بیشترین میزان چند شکلی را نشان داد. تجزیه خوشه ای با استفاده از روش UPGMA جمعیت ها را در 7 گروه قرار داد. در حالت کلی نشانگرهای ISSR چندشکلی بیشتری در مقایسه با نشانگرهای RAPD