هدف تحقیق حاضر، شناسایی و تبیین موانع اثرگذار بر توسعه نظام نوآوری فناورانه کشاورزی است. پارادایم این تحقیق از نوع اکتشافی با رویکرد دو فازی اتصال داده های کیفی به کمی است. جامعه آماری بخش کیفی مشتمل بر اعضای اصلی کمیته های فناوریی های نانو و بیو وزارت جهاد کشاورزی (35 نفر) بوده اند. که با استفاده از تکنیک نمونه گیر هدفمند، از 14 نفر مصاحبه به عمل آمد. جامعه آماری بخش کمی، مشتمل بر اعضا کمیته های تحقیقاتی فناوری های نانو و بیو وزارت جهاد کشاورزی (117نفر) بود که همه آن ها مورد سرشماری قرار گرفتند. روایی و پایایی بخش کیفی تحقیق با استفاده از تکنیک سه بعدی نگری و در بخش کمی، با استفاده از نظرات تخصصی کارشناسان موضوعی، آزمون آلفای کرونباخ و شاخص های نیکویی برازش حاصل شد. پس از استخراج متغیرها (گویه ها) و مشخص کردن فراوانی آن ها از طریق فرآیند کدگذاری باز مصاحبه ها با استفاده از نرم افزارATLAS.ti5.2، درنهایت در بخش کمی تحقیق با استفاده از نرمافزارهای SPSS و LISREL، نسبت به تلخیص، اندازه گیری و تایید میزان تبیین واریانس کل از سوی عوامل شناسایی شده اقدام گردید. نتایج نشان داد که 94/84 درصد از واریانس کل موانع اثرگذار بر توسعه نظام نوآوری فناورانه کشاورزی، توسط موانع هفت گانه قابل تبیین، است.