اندوفیتها میکروارگانیسمهایی هستند که حداقل یک مرحله از چرخه زندگی خود را درون گیاهان بدون ایجاد علائم بیماری سپری میکنند. پژوهش حاضر به منظور شناسایی و بررسی تنوع اندوفیتهای موجود در گیاه کَبَر انجام شد. نمونهبرداری از 15 منطقه کشور انجام شد. از هر منطقه چهار گیاه (شامل برگ، ساقه، ریشه و میوه) انتخاب شد. نمونهها پس از ضدعفونی سطحی بر روی محیطهای کشت عمومی قرار گرفتند و اندوفیتها خالصسازی شدند. در مجموع 72 جدایه قارچی به دست آمد، که در 6 رده و 10 جنس قرار گرفتند. بین جدایهها 83/95 درصد متعلق به شاخه Ascomycota بودند. در این پژوهش گونههای Alternaria alternata و Aspergillus tubingensis بیشترین فراوانی را داشتند. حدود نیمی از قارچهای اندوفیت (25/49%) از دو منطقه خداآفرین و آب-بَر جدا شده بودند که به نظر میرسد حضور قارچهای اندوفیت در مناطق سردتر و کوهستانی بیشتر است. همچنین میزان کل درصد کلونیزاسیون اندوفیت قارچی و باکتریایی در گیاه کبر به ترتیب 25/11 و 50/37 درصد بود که بیشترین درصد قارچ در ریشه (00/50 درصد) و کمترین در میوه (17/4 درصد) مشاهده شد، که احتمال تأثیر همزیستی قارچهای خاکزی در مجاورت ریشه را بیشتر نمایان میسازد. از میان گونههای جداسازی شده گونههای Chaetomium globosum، Diaporthe foeniculina، Mucor circinelloides و Stemphylium vesicarium برای اولین بار از ایران و گونههای قارچی شناسایی شده برای اولین بار در دنیا به عنوان قارچ اندوفیت گیاه کبر گزارش میشوند. در این پژوهش 93 ایزوله باکتری بازیابی شد و در نهایت، 18 ایزوله شناسایی شد. اکثر باکتریهای اندوفیت جدا شده مؤثر بر Fusarium oxysporum، Rhizoctonia solani و Sclerotinia sclerotiorum مربوط به منطقه دهلران (ایلام) بود. اکثر سویههای زیست فعال مؤثر بر پاتوژنهای مورد مطالعه متعلق به B. subtilis (CSI4) و S. rhizophila (CSZ10) بودند. از بین قارچهای اندوفیت جدا شده تنها دو قارچ (Alternaria alternata M28 و Paecilomyces maximus) قادر به تولید فلاونوئید روتین بودند. نتایج نشان داد که تولید روتین در بافت میسلیوم بیشتر از محیط خارج سلولی بود؛ به طوری که در A. alternata M28 و P. maximus به ترتیب حدود 5/67 و 56/5 برابر روتین در میسلیوم تولید شد. همچنین در بین باکتریها به ترتیب 13 و 14 باکتری اندوفیت قادر به تولید روتین و کوئرستین بودند که بیشترین آن Aeromonas Sp. MB13 و کمترین در Alcaligenes faecalis MB3 مشاهده شد. این یافتهها میتواند برای کشاورزی، داروسازی، پزشکی و صنایع بیولوژیکی و بیوتکنولوژیکی مفید باشد.