امروزه واژه "اپیژنتیک" دو معنی مختلف دارد (Haig 2004). معنی گسترده تر به ودینگتون باز میگردد و همیشه برای زیست شناسان تکوینی جاذبه داشته است؛ که برای برخی از آنها "اپیژنتیک به تمام رشته برهمکنشهای بین سلولها و فرآوردههای سلولی که منجر به موفوژنزیس و تمایز می شوند اشاره دارد" (Herring 1993, 472; cited in Haig 2004, 1; cf. Holliday 2006). زیست شناسان تکوینی-تکاملی، بندیکت هالگریمسون و برایان هال ، هنگامیکه بیان میکنند اپیژنتیک، هم در تکوین و هم در تکامل، ژنوتیپ را به فنوتیپ مربوط میکند، از همان معنی مدنظر ودینگتون استفاده میکنند: اپیژنتیک، بررسی ویژگی های نوظهور در خاستگاه فنوتیپ در تکوین و در تغییرات فنوتیپی در تکامل است. ویژگیها، منش ها، یا مکانیسم ها/فرآیندهای تکوینی تنها هنگامی اپی ژنتیک اند که بصورت برهمکنش هایی که در سطحی بالاتر از ژن، بعنوان توالیای از DNA، پدید می آیند نگریسته شوند. آندو برای روشن کردن ارتباط این دیدگاه با معنی ملکولی محدودتر اپیژنتیک اظهار میدارند که:متیلاسیون و نشانگذاری توالی های ژنی مثالهایی از اپیژنتیک در سطح ساختار و کارکرد ژن هستند. زیست شناسان ملکولی اپیژنتیک را عمدتا در همان معنی محدودتر، بصورت بررسی تغییرات بیان ژن که با میتوز (از طریق سلول های بدنی) یا با میوز (از طریق سلول های زایشی) به ارث میرسند و مستلزم تغییر در توالی DNA نیستند، درک میکنند. خاستگاه این معنی استفادهی دیوید نانی از واژهی "سیستمهای کنترل اپیژنتیک " است که بیان قابلیتهای ژنتیکی را تنظیم میکنند. فرض او بر این بود که این سامانه ها به سامانه های کنترل ژنتیکی کمک میکنند، و بر اساس یک سیستم حالتپایا از الگوهای متابولیکی خودتنظیمگر عمل میکنند (Nanney 1958; Haig 2004): دیدگاه سرشت ماده ی ژنتیکی، که قطعا هنوز جزئیاتش معلوم نیست، شواهد تجربی بیشتری را پشت سر خود دارد و سادگیاش قدرت زیادی به آن میدهد. همچنین، نسبت به آنچه که قبلا ممکن بود، تمایز مفهومی روشنتری را بین دو سیستم کنترل سلولی بهدست میدهد. از یکسو، نگهداشت یک "کتابخانهی اختصاصیتها"، هم بیان شده و هم بیاننشده، از طریق یک مکانیسم همانندسازی قالبی به انجام رسیده است. از سویی دیگر، مکانیسمهای کمکی با اصول عملیاتی متفاوت در تعیین اینکه کدام اختصاصیتها بایست در یک