به دنبال افزایش جمعیت و نیاز روز افزون به منابع آب؛ شناخت و پیش بینی رفتار سفره های آب زیرزمینی به عنوان یکی از مهمترین منابع آب، شناختی سودمند و راهگشا خواهد بود. این گونه مطالعات می تواند تعامل بهتر میان مصرف کنندگان و منابع را بر قرار کند و در صورتی که استفاده و تغییرات توسط مصرف کننده در جهت تخریب و تضعیف منابع باشد او را آگاه و مانع از اعمال تغییرات توسط وی شود. سد کلان ملایر، بزرگترین سد در غرب کشور ایران است که در شهرستان ملایر و در مجاورت آب خوان دشت ملایر قرار دارد، مطالعات اولیه اجرایی و فنی این سد در سال 1380 و عملیات اجرایی ساخت در خرداد ماه سال 1382 شروع شد. بهره برداری از سد کلان با ظرفیت 45 میلیون متر مکعب؛ در سال 1390 شروع شده است. در این پژوهش با استفاده از مدل MODFLOW مدل سازی دشت، در دو گام پایدار و ناپایدار انجام گرفت و سعی شد با اجرای چند سناریو شامل جابجایی مکان سد و تغییر حجم آب ورودی که پارامتر دخیل در میزان ذخیره و به دنبال آن ارتفاع سد می باشد؛ تاثیر موقعیت و ارتفاع سد را بر ارتباط میان آب خوان و آب سطحی نشان داد.