دادرسی منصفانه در سطح کلان، رابطه تنگاتنگی با ساختار نظام عدالت کیفری و شیوه عمل و اقدام نهادهای وابسته به آن دارد. تفکیکگرایی و تعریف دقیق وظایف و اختیارات مقامات تعقیب، تحقیق و دادرسی در مراحلِ گوناگونِ فرآیند کیفری و مرزبندی دقیق میان آنها میتواند به برقراری یک نظام دادرسی منصفانه مدد رساند. تجمیع منصبهای قضایی، بهگونهای که یک قاضی همزمان نقشهای گوناگونی را ایفا کند و در سطحی گسترده اقدام به بازپرسیهای متعدد از متهم نماید و متعاقباً در مورد اتهام، رسیدگی و اتخاذ تصمیم کند، مغایر با اصل بیطرفی است که در اسناد بینالمللی مانند کنوانسیون اروپایی حقوق بشر (1950)، میثاق حقوق مدنی و سیاسی (1966) و سند اصول بنگلور در مورد رفتار قضایی (2002) و نیز رویه دیوان اروپایی حقوق بشر بر رعایت آن تأکید شده است. ازاینرو، وجود دادگاههای اختصاری که چندین وظیفه (تعقیب، تحقیق و سپس، رسیدگی و صدور حکم) را برای یک قاضی تعریف میکنند، چالشبرانگیزند. انتصابی بودن مقام تعقیب (دادستان) در ایران، برخورداری از اختیارات بیحدوحصر، پاسخگو نبودن در برابر نهادهای انتخابی که خطر خودکامگی و تعرض به آزادیها را دامن میزند، داشتن اختیار تحقیق بهموازات تعقیب کیفری، عدم حضور در جلسات دادگاه که در عمل سبب میشود که قاضی ناگزیر در قامت دادستان ظاهر شود و اصل ترافعی بودن را تضعیف کند، بخشی از چالشهای دادرسی منصفانه است. راهکار عبور از این مشکل، کاستن از اختیارات و پاسخگو کردن دادستان از طریق نهادهای نظارتی است؛ نظیر آن چیزی که در اساسنامه دیوان کیفری بینالمللی با عنوان «شعبه مقدماتی» پیشبینی شده است.