به منظور روندیابی و بررسی چگونگی تغییرات آلودگی در رودخانه ها، استفاده از مدل های کامپیوتری ضروری می باشد. اولین گام در حفاظت از منابع آب، آگاهی همه جانبه از تغییرات کیفی آن ها می باشد. بدین منظور در این پژوهش به کمک روش تحلیل پویایی سیستم مدل کامپیوتری در محیط برنامه نویسی VENSIM بسط داده شد که بتواند روند تغییر کیفیت آب را در یک مسافت 8/468 متری از منبع تزریق ماده ردیاب شبیه سازی نماید. به منظور واسنجی و اعتباریابی نتایج مدل از داده های جمع آوری شده یکی از کانال های آبیاری شهرستان نهاوند (نهر شعبان) واقع در استان همدان استفاده گردید. پس از تجزیه و تحلیل آماری و محاسبه شاخص های آماری جذر میانگین مربعات خطا (RMSE)، خطای استاندارد (SE)، میانگین خطای مطلق(MAE) و ضریب تبیین(R2) میزان برازش میان مقادیر واقعی و شبیه سازی شده محاسبه شد. در کانال آبیاری تزریق ماده کلرید سدیم با هدایت الکتریکی 44/746 میکروموس بر سانتی متر به مدت 20 دقیقه صورت گرفت و در 3 ایستگاه با فواصل معین نمونه برداری انجام پذیرفت. بهترین انطباق نتایج مدل با داده های مشاهده ای در فاصله ی 5/12 متری از منبع تزریق و در ایستگاه اول، و کمترین انطباق در ایستگاه نمونه برداری دوم در فاصله ی 228 متری از منبع تزریق بود. مقادیر شاخص های آماری در ایستگاه اول به ترتیب برابر با 35/0، 18/0، 13/0 و 90/0 و در ایستگاه دوم 47/0، 24/0، 22/0 و 81/0 برآورد گردید. نتایج نشان داد مدل حاضر در شبیه سازی روند کیفی آب از دقت خوبی برخوردار است.