گیاه خاکشیر تلخ، دارای خواص دارویی زیادی می باشد. مدیریت تنوع ژنتیکی و گیاهان بومی از برنامه های حفاظتی ضروری و مهم می باشد. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 33 توده از خاکشیر تلخ با نشانگر مولکولی Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع183 مکان کروموزومی مورد بررسی قرار گرفت و در مجموع 1537 باند ایجاد شده امتیاز دهی شدند. 11 آغازگر ISSR مورد استفاده، 100درصد چند شکلی را نشان دادند. میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی(PIC) 5/31 درصد به دست آمد. کمترین مقدارPIC برای آغازگر (AG)8T برابر با مقدار 5/24 درصد و بیشترین مقدار هم برای آغاز گر GGGC(GA)8 با مقدار 5/38 بود. حداکثر شاخص نشانگری در آغازگر (AG)8YT برابر با مقدار 93/6 بود بنابر این به عنوان آغاز گر برتر برای مطالعات بعدی روی انواع خاکشیر معرفی می شود. الگوی کلی از توزیع تنوع مولکولی برای نشانگر ها نشان داد که 17 درصد تنوع مربوط به بین گونه ها و 83 درصد تنوع مربوط به درون گونه ها می باشد. به طور کلی می توان گفت که تنوع ژنتیکی درون گروه ها و گروه بندی کردن نمونه ها در نقطه برش، با فاصله جغرافیایی که بین استان های مورد مطالعه وجود دارد، هم خوانی دقیقی ندارد. از جمله دلایل این پدیده می تواند انتقال ژرم پلاسم ها بین این مکان ها و یا اختلاط بذور یا جریان ژنی بین جمعیت ها در هنگام برداشت برای مصارف خوراکی و دارویی و خاستگاه مشترک نمونه ها باشد