نخستین لایه دفاعی گیاه در برابر بیمارگرهای مختلف، سطح گیاه است که از کوتیکول پوشیده شده است اما سطح کوتیکول همیشه ارتباط مستقیم با مقاومت ندارد و از این روگیاهان دارای دفاع بیوشیمیایی نیز هستند. متابولیتهای تولیدی در گیاه به دو دسته، متابولیتهای اولیه و ثانویه تقسیم میشوند. متابولیتهای اولیه که برای فعالیتهای حیاتی گیاه ضروری هستند. متابولیتهای ثانویه برای رشد گیاه ضروری نیستند وظایف اکولوژیکی متفاوتی را هم در گیاه برعهده دارند مانند مقاومت در گیاهان و مقابله با عوامل بیماری زا در گیاهان نقش دارند. از متابولیت های ثانویه که در برابر بیمارگرهای باکتریایی میتوانند موثر واقع شوند میتوان به فیتوآلکسینها و ترکیبات فنولی اشاره نمود.
