به منظور بررسی نقش باکتری های پنبه بر روی خصوصیات گیاهچه پنبه، جدایه های باکتری های اندوفیت و ریزوسفر جداسازی شدند. نمایندگان جدایه-ها پس از انجام آزمون های بیوشیمیایی و تکمیلی انتخاب شدند. بذور، پس از کرک زدایی با اسید سولفوریک غلیظ و آب شویی با آب مقطر سترون در سوسپانسیونی از باکتری ها به غلظت cfu 105-106، به مدت 2 ساعت قرار گرفتند. تعداد 100 عدد بذر در داخل کاغذهای حوله ای سترون در سه تکرار قرار گرفته و در انکوباتور 27 درجه سانتیگراد قرار گرفتند. در دروه های سه و شش روزه خصوصیاتی نظیر درصد و سرعت جوانه زنی، طول ریشه چه و ساقه چه اندازه گیری و داده ها با استفاده از نرم افزار آماری SAS تجزیه و تحلیل شد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری نشان داد جدایه های باکتریایی Bacillus pumilus MR11، B. pumilus MR12، B. pumilus MR13، B. safensis MR21، B. safensis MR22 ضمن رشد در محیط های حاوی Nacl 3 و 5 درصد سبب افزایش خصوصیاتی نظیر طول ساقه چه، درصد و سرعت جوانه-زنی و سرعت جوانه زنی کل گیاه چه شدند. این اولین گزارش از جداسازی باکتری های B. pumilus و B. safensis از پنبه در ایران می باشد.