چکیده: میکروارگانیسم های بیمارگر بر سلامت گیاه اثر گذاشته و از تهدیدات اصلی تولید غذا و پایداری اکوسیستم هستند. استفاده از مواد شیمیایی برای کنترل بیماری های گیاهی سبب اثرات مضر بر سلامتی انسان و محیط زیست می شود و افزایش نگرانی ها درباره اثرات جانبی آن ها منجر به تحقیقات برای یافتن روش های جایگزین این مواد شده است. یکی از روش های جایگزین، بیوکنترل با استفاده از میکروارگانیسم های مرتبط با گیاهان هستند. هدف از این پژوهش بررسی اثر آنتاگونیستی باکتری های غیر بیماری زای گوجه فرنگی علیه Ralstonia solanacearum و Verticillium dahliae تحت شرایط آزمایشگاه و گلخانه بود. در سال های 1393-1392 نمونه برداری از بوته های سالم گوجه فرنگی و ریزوسفر از مناطق مختلف استان همدان انجام گرفت و 330 استرین باکتری جدا شد. سپس با استفاده از الکتروفورز پروتئین های محلول سلولی در ژل پلی آکریل آمید 19 گروه الکتروتیپ به دست آمد و در نهایت تعداد 150 نماینده برای مطالعات بعدی انتخاب شدند. براساس ویژگی های فنوتیپی ، بیوشیمیایی و توالی یابی بخشی از ژن 16srDNA این باکتری ها به عنوان Bacillus thuringiensis (FS234)، B. atrophaeus (FS288، B. pumilus (FS91،( B. subtilis (FS299، Acinetobacter calcoaceticus (FS339)، Cronobacter dublinensis (FS244) ، Enterobacter ludwigii (FS274)، Stenotrophomonas maltophilia (FS300)، Pseudomonas brassicacearum (FS184)، P. fluorescens(FS167)، P. mosselii (FS67)، pantoea agglomerans (FS139)، Serratia marcescens (FS196)، Xanthomonas spp. و streptomyces spp. شناسایی شدند. باکتری های. Pseudomonas، Acinetobacter و Bacillus به ترتیب با فراوانی 22، 18 و 17 درصد و streptomyceبا سه درصد فراوانی بیشترین و کمترین فراوانی را داشتند. استرین های P. brassicacearum، B. atrophaeus (FS288، A. calcoaceticus (FS339)، P.mosselii FS67 Cronobacter dublinensis (FS244) و Enterobacter ludwigii (FS274) برای اولین بار است که از ایران از گوجه فرنگی گزارش شده اند. .کاربرد نشانگر rep-PCR با استفاده از آغازگرهایERIC و BOX در مورد سه استرین غالب حاکی ازتنوع ژنتیکی این استرین ها بود که بیشترین تنوع مربوط به استرین های P. fluorescensFS167 و کمترین تنوع در استرین های B. subtilis FS299 بود. اثر آنتاگونیستی باکتر