به منظور بررسی باکتری های اندوفیت بذر پنبه بر روی خصوصیات گیاهچه پنبه، جدایه های باکتری های اندوفیت از گیاهچه و ریشه چه های بذر پنبه جداسازی شدند. کلیه بذور با استفاده از اسید سولفوریک غلیظ کرکزدایی و با آب مقطر سترون شستشو شده و در داخل کاغذ صافی های سترون مرطوب، جوانه زنی شدند. شش جدایه پس از انجام آزمونهای بیوشیمیایی و تکمیلی انتخاب شدند. بذور، پس از کرک زدایی با اسید سولفوریک غلیظ و آب شویی با آب مقطر سترون در سوسپانسیونی از باکتری ها به غلظت cfu 105-106، به مدت 2 ساعت قرار گرفتند. تعداد 100 عدد بذر در داخل کاغذهای حوله ای سترون در سه تکرار قرار گرفته و در انکوباتور 27 درجه سانتیگراد قرار گرفتند. در دروه های سه و شش روزه خصوصیاتی نظیر درصد و سرعت جوانه زنی، طول ریشه چه و ساقه چه اندازه گیری و داده ها با استفاده از نرم افزار آماری SAS تجزیه و تحلیل شد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری گیاهچه سه روزه نشان داد که از نظر خصوصیات طول ریشه چه جدایه های 9 و 10 در مقایسه با سایر جدایه ها برتری داشتند. در مقایسه نتایج حاصل از گیاهچه شش روزه در خصوصیاتی نظیر طول ساقه چه، درصد و سرعت جوانه زنی و سرعت جوانه زنی کل جدایه های 9، 10 و 16 در اغلب موارد تفاوت معنی داری داشتند. بر اساس نتایج حاصل از آزمونهای بیوشیمیایی و تجزیه ژنتیکی، جدایه 16 به عنوان Stenotrophomonas sp. و سایر جدایه ها Bacillus sp. شناسایی شدند.
