جاروک یونجه یکی از مهمترین بیماری های یونجه در ایران است. مناطق گسترش بیماری در ایران طی سال های 1392 تا 1394 براساس علایم مشخص بیماری، آزمایش الایزا با آنتی بادی چند همسانه ای و واکنش های زنجیره ای پلیمراز تعیین شد. پس از تعیین مزارع آلوده و نمونه گیری از آن ها براساس خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی، فیتوپلاسما های همراه با بیماری جاروک یونجه در مناطق مختلف ایران تشخیص داده شد. عامل بیماری جاروک یونجه با استفاده از سس (Cuscuta campestris Yunk) از یونجه به پروانش انتقال یافت و علایم مرتبط با فیتوپلاسما دیده شد. فیتوپلاسمای عامل بیماری با استفاده از پیوند به گیاه پروانش منتقل و در این گیاه تکثیر و نگهداری شد. نمونه های یونجه دارای علایم جاروک و پروانش های مایه زنی شده در گلخانه در آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) با استفاده از جفت آغازگر P1/P7 و واکنش زنجیرهای پلیمراز دومرحله ای با استفاده از جفت آغازگرهای P1/P7 در مرحله ی اول و R16mF2/R16mR2 و R16F2n/R16R2 واکنش مثبت نشان دادند. با استفاده از آغازگرهای بالا به ترتیب قطعات با اندازه های تقریبی 1800، 1400 و 1200 جفت باز تکثیر شد. نمونه های فیتوپلاسما با آزمون های چند شکلی طولی قطعات برشی(RFLP) حقیقی و مجازی با استفاده از ترادف محصول PCR دو مرحله ای با جفت آغازگر R16F2n/R16R2 برای تکثیر 1250 جفت باز از ژن کد کننده RNA ریبوزومی 16S مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که فیتوپلاسمای همراه با جاروک یونجه در ایران به چهار گروه RNA ریبوزومی شامل 16SrI، 16SrII، 16SrVI و 16SrXII تعلق دارند. استرین های وابسته به گروه 16SrI فقط در استان آذربایجان غربی دیده شدند و زیر گروه های C و D از گروه 16SrII از استان های یزد، سیستان و بلوچستان، کرمان، اصفهان، همدان، خوزستان، خراسان رضوی و جنوبی، فارس و بوشهر جدا شدند. در بعضی از مناطق استان های یزد، خراسان رضوی، خوزستان و بوشهر استرین-هایی از گروه 16SrII مشاهده گردید که به هیچ یک از زیر گروه های این گروه شباهت نداشتند. در تمام مناطق مورد مطالعه زیرگروه D غالب بود. دو استرین فیتوپلاسمای همراه با جاروک یونجه از مناطق جویم فارس و چاهگیر یزد بر اساس توالی 1200 جفت باز از نواحی ژن 16S و ناحیه ی بین ژنی 16S و 23S در زیر گروه C از گروه 16SrII قرار گرفتند. این دو استرین براساس علایم انتقال در گی