بیماریهای ویروسی از دلایل کاهش عملکرد در گیاهانی با تکثیر غیرجنسی نظیر سیر پوتی ویروسها (نظیر ویروس زردپاکوتاهی پیاز) و الکسی ویروسها از مهمترین ویروسهای بیماری زا در سیر هستند. در این مورد RT-PCR پژوهش ابتدا آلودگی سیر رقم همدان به ویروس زرد پاکوتاهی پیاز و الکسیویروسها با استفاده از روش مایع و جامد MS بررسی قرار گرفت. سپس ویروس زدایی با استفاده از کشت مریستم ریشه به طول 1 میلیمتر در محیط کشت 10 ،7/5 ، و غلظتهای صفر (شاهد)، 5 (NAA) 4 و 8 میکرومولار نفتالین استیک اسید ،2 ،1 ،0/ حاوی غلظتهای صفر (شاهد)، 5 بررسی شد. RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. در انتها حذف ویروسها با استفاده از روش (BA) و 20 میکرومولار بنزیل آدنین تکثیر قطعاتی به طول 300 جفتباز برای ویروس زرد پاکوتاهی پیاز و 180 جفتباز برای الکسیویروسها، آلودگی سیر رقم همدان را به ویروسهای ذکر شده تایید کرد. بر اساس نتایج بدست آمده کشت مریستم ریشه روش موثری در تولید سیر عاری از نشان داد که تمام گیاهان باززایی شده از کشت مریستم ریشه در محیط کشت مایع و RT-PCR ویروس میباشد. نتایج حاصل از 6 %) و مایع / جامد از ویروس زرد پاکوتاهی پیاز و الکسیویروسها عاری شدند. بالاترین درصد باززایی در محیط کشت جامد( 7 BA با 10 میکرومولار NAA 0 میکرومولار / و 5 BA با 10 میکرومولار NAA %75 ) به ترتیب در ترکیب هورمونی 1 میکرومولار ) مشاهده شد.