خستین لایه دفاعی گیاه در برابر بیمارگرهای مختلف، سطح گیاه است. که از کوتیکول پوشیده شده است اما سطح کوتیکول همیشه ارتباط مستقیم با مقاومت ندارد و از این رو گیاهان دفاع بیوشیمیایی نیز هستند. متابولیت های تولیدی در گیاه به دو دسته ، متابولیت های اولیه و ثانویه تقسیم می شوند. متابولیت های اولیه که برای فعالیت های حیاتی گیاه ضروری هستند. متابولیت هی ثانویه برای رشد گیاه ضروری نیستند وظایف اکولوژیکی متفاوتی را هم در گیاه برعهده دارند مانند مقاومت در گیاهان و مقابله با عوامل بیماری زا در گیاهان نقش دارند. از متابولیت های ثانویه که در برابر بیمارگرهای باکتریایی می توانند موثر واقع شدند می توان به فیتوآلکسین ها و ترکیبات فنولی اشاره نمود.
