نیاز به هماهنگ شدن با تحولات روزافزون دانش باعث شده است در بسیاری از کشورهای دنیا دانشگاه‌ها با درجات مختلف در مسائل اداری و مالی استقلال داشته باشند. یکی از روش‌های اعطای استقلال به دانشگاه‌ها، اداره آن‌ها توسط هیئت امنا است. اداره هیئت امنایی در عمل و هنگام اجرایی شدن مصوبات آن‌ها ممکن است به دلیل مغایرت و یا حتی تضاد با سایر قوانین و مقررات با مشکلات عمده‌ای مواجه شوند و موردایراد دستگاه‌های نظارتی مثل دیوان محاسبات کشور قرار گیرند. این مقاله با استفاده از روش توصیفی- تحلیلی و بررسی آرای دیوان عدالت اداری و رویه دیوان محاسبات کشور به دنبال پاسخ به این پرسش است که دیوان محاسبات کشور برای نظارت بر دانشگاه‌ها با چه ابهامات و چالش‌هایی مواجه است. از جمله ابهامات بررسی‌شده در این مقاله می‌توان به عدم هماهنگی بین قانون هیئت امنای دانشگاه ها و دیگر قوانین، فهم متفاوت از قوانین، دشواری پیدا کردن متخلف اشاره نمود.
