فرهاد غفوری کسبی

چکیده در این تحقیق با در نظر گرفتن مقادیر متفاوت برای متغیرهای پیش بینی کننده (SNPها) میزان تاثیر آن بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور، ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 1 مورگان شبیه سازی شد که در سناریوهای مختلف روی آن 1000، 3000، 5000، 10000،20000 و 30000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فراوانی اولیه یکسان 5/0 به طور یکنواخت پخش شدند. تعداد جایگاه های صفات کمی (QTL) در دو سناریو به صورت درصدی از تعداد SNP ها در نظر گرفته شد (1 درصد و 10 درصد از کل SNPها). در ادامه جمعیت مرجع (حیوانات دارای فنوتیپ و ژنوتیپ) و جمعیت تایید (حیوانات کاندید انتخاب، دارای ژنوتیپ اما فاقد فنوتیپ) هر یک به تعداد 250 فرد شبیه سازی گردید. پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از روش بهترین پیش-بینی نااریب خطی ژنومی (GBLUP) انجام شد. در تعداد ثابت از اندازه جمعیت مرجع (تعداد فنوتیپ ها)، با افزایش تعداد نشانگرهای SNPاز 1000 به 5000 SNP ، صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی افزایش یافت و پس از رد شدن از آستانه SNP5000 به تدریج کاهش پیدا کرد و در سناریو SNP30000 حداقل شد. دلیل این مساله پدیده بیش برازش بود که زمانی اتفاق می افتد که تعداد متغیرهای پیش بینی کننده (SNPها) (اطلاعات مجهول) تفاوت زیادی با تعداد فنوتیپ ها (اطلاعات معلوم) داشته باشد. از این رو توصیه می شود بدون در اختیار داشتن جمعیت های مرجع بزرگ از تراشه های SNP با تراکم بسیار بالا استفاده نشود.