1404/02/01

فرهاد غفوری کسبی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس:
دانشکده: دانشکده کشاورزی
نشانی:
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
اثر نوع کرنل بر کارایی روش ماشین بردار پشتیبان در ارزیابی ژنومی صفات با معماری ژنتیکی افزایشی و غالبیت
نوع پژوهش
مقاله ارائه شده کنفرانسی
کلیدواژه‌ها
ماشین بردار پشتیبان، کرنل، نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی، ارزشهای اصلاحی ژنومی.
سال 1402
پژوهشگران فرهاد غفوری کسبی

چکیده

این مطالعه با هدف مقایسه عملکرد پیش بینی ماشین بردار پشتیبان (SVM) بر پایه کرنل های مختلف شامل کرنل خطی، رادیال، چند جمله ای و سیگموئیدی در ارزیابی ژنومی یک صفت با معماری ژنتیکی افزایشی و غالبیت انجام شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) روی 10 کروموزوم هر کدام به طول 1 مورگان در سطح وراثت پذیری 5/0 شبیه سازی شد. تعداد جایگاه های صفات کمی (QTL) به میزان 10% از تعداد SNP ها در نظر گـرفته شد ( QTL1000). به همه QTLها اثر افزایشی و به 50% از آنها اثرات غالبیت داده شد. ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از روش ماشین بردار پشتیبان بر پایه کرنل های خطی، رادیال، چند جمله ای و سیگموئیدی پیش بینی شده و شاخص های صحت پیش بینی و اریبی ارزش های اصلاحی ژنومی برای تجزیه و تحلیل ارزش های اصلاحی ژنومی پیش بینی شده مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج نشان داد که ماشین بردار پشتیبان بر پایه کرنل رادیال ارزش های اصلاحی ژنومی را با بیشترین صحت و کمترین اریبی پیش بینی نمود. در مقابل، ماشین بردار پشتیبان بر پایه کرنل خطی و چندجمله ای ضعیفترین عملکرد را داشت و لذا برای ارزیابی ژنومی پیشنهاد نمی شوند.