فرهاد غفوری کسبی

هدف از این تحقیق بررسی عملکرد روش K-نزدیکترین همسایگی (K-nearest neighbor) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته بود. در ضمن تاثیر بازیابی ژنوتیپ بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی نیز بررسی شد. جهت ایجاد ماتریس ژنوتیپی، ژنومی متشکل از 1 کروموزوم به طول یک مورگان برای 250 و 1000 فرد شبیه سازی شد که بر روی آنها در سناریوهای مختلف، 250، 500، 750، 1000، 1500 و 2000 نشانگر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) توزیع گردید. جهت ایجاد فایل اطلاعات حاوی ژنوتیپ های از دست رفته، اطلاعات ژنوتیپی به ترتیب 5، 10، 25، 50، 75 و 90 درصد SNPها از ماتریس ژنوتیپی حذف شده تا مجدداً توسط روش KNN بازیابی شوند. درصد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده (نسبت تعداد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده به کل ژنوتیپ های از دست رفته) و همبستگی بین ماتریس ژنوتیپی اولیه (فاقد اطلاعات ژنوتیپی از دست رفته) و ماتریس ژنوتیپی بازیابی شده به عنوان شاخص های صحت بازیابی ژنوتیپ مورد استفاده قرار گرفت. در جمعیت شامل 250 فرد صحت بازیابی ژنوتیپ در سناریوهای 5، 10، 25، 50، 75 و 90 درصد، صحت بازیابی ژنوتیپ به ترتیب برابر 82/0، 82/0، 80/0، 76/0، 62/0 و 40/0 بود اما با افزایش جمعیت به 1000 فرد، صحت بازیابی ژنوتیپ برابر 83/0، 83/0، 82/0، 82/0، 71/0 و 54/0 حاصل شد که بویژه تاثیر افزایش جمعیت در دو سناریو 75 و 90 درصد ژنوتیپ از دست رفته قابل توجه بود. همبستگی بین ماتریس ژنوتیپی اولیه و ماتریس ژنوتیپی بازیابی شده نیز با افزایش درصد حذف کاهش یافت به طوریکه بیشترین همبستگی در زمان بازیابی 5 درصد ژنوتیپ از دست رفته (998/0) و کمترین آن در زمان بازیابی 90 درصد ژنوتیپ از دست رفته (724/0) به دست آمد. با افزایش تعداد SNPها از 250 به 2000، صحت بازیابی ژنوتیپ از 67/0 به 84/0 افزایش یافت. همچنین یک رابطه معکوس بین فراوانی آلل نادر (MAF) با صحت بازیابی ژنوتیپ مشاهده شد به صورتیکه با افزایش MAF از 01/0 به 5/0، صحت بازیابی ژنوتیپ 15 درصد کاهش نشان داد. مدت زمان بازیابی ژنوتیپ نیز با افزایش ابعاد ماتریس ژنوتیپی به صورت تصاعدی افزایش یافت. با افزایش درصد ژنوتیپ های بازیابی شده، صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی کاهش یافت. در سناریوهای 5 و10 درصد ژنوتیپ بازیابی شده تغییری در صحت مشاهده نشد اما در دو سناریو 75 و 90 درصد ژنوتیپ بازیابی شده، صحت پیش ب