1404/03/17

فرهاد غفوری کسبی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس:
دانشکده: دانشکده کشاورزی
نشانی:
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
بررسی تأثیر تعداد آستانه بر صحت ارزیابی ژنومی صفات با توزیع گسسته با استفاده از ماشین بردار پشتیبان
نوع پژوهش
مقاله ارائه شده کنفرانسی
کلیدواژه‌ها
ارزیابی ژنومی، آلل، تعداد آستانه، ماشین بردار پشتیبان
سال 1397
پژوهشگران فرهاد غفوری کسبی

چکیده

برخی صفات اقتصادی در دام های اهلی جزء صفات با توزیع گسسته می باشند. اینگونه صفات از توارث کمّی برخوردار هستند اما تظاهر فنوتیپی آنها مانند صفات کیفی است. تعداد آستانه ممکن است صحت ارزیابی ژنومی این گونه صفات را تحت تأثیر قرار دهد. در این مقاله تأثیر تعداد آستانه یک صفت با توزیع گسسته بر صحت ارزیابی ژنومی مورد بررسی قرار گرفته است. به این منظور، ژنومی متشکل از 5 کروموزوم (هریک به طول یک مورگان) که بر روی آن 10000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) به طور یکنواخت پخش شده بود شبیه سازی شد. در دو سناریو به ترتیب 1% و 10% (به ترتیب 100 و 1000) از تعداد نشانگرها به عنوان جایگاه های صفات کمی (QTL) در نظر گرفته شدند و اثرات آنها با توزیع نرمال استاندارد شبیه سازی شد. با استفاده از توزیع گوسی برای یک صفت گسسته، 1 تا 6 آستانه تعریف شد که بر این اساس دو، سه، چهار، پنج و شش دسته فنوتیپی بر اساس تعداد آستانه شبیه سازی شد. پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از ماشین بردار پشتیبان (SVM) مبتنی بر کرنل رادیال انجام شده و همبستگی پیرسون بین ارزش های اصلاحی شبیه سازی شده و پیش بینی شده در هر سناریو به عنوان شاخص از صحت پیش بینی لحاظ گردید. نتایج نشان داد که با افزایش تعداد آستانه از 1 به 3 (تعداد دسته فنوتیپی از 2 به 4) در هر دو سناریوی 100 و 1000 QTL صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی افزایش یافته و پس از آن با افزایش تعداد آستانه صحت پیش بینی تغییرات قابل توجهی نداشت. به طور کلی برای صفات با یک آستانه (دو دسته فنوتیپی) صحت ارزیابی ژنومی در حد قابل قبولی نبود (مقدار) و برای افزایش صحت ارزیابی، سناریوی افزایش در تعداد افراد حیوانات جمعیت مرجع از 1000 به 2000 و سپس به 3000 فرد تست شد که در نتیجه آن صحت پیش بینی به ترتیب 12% و 23% در سناریوی 100 QTL و 18% و 19% در سناریوی 1000 QTL افزایش یافت. بنابراین، برای صفات آستانه ای با یک آستانه جهت حصول ارزیابی ژنومی با صحت قابل قبول، افزایش در اندازه جمعیت مرجع و استفاده از روش های مبتنی بر رگرسیون لجستیک پیشنهاد شدند.