فرهاد غفوری کسبی

چکیده انسان و حیوانات اهلی قرن ها است که از یک دیگر بهره می برند و به رفاه یک دیگر کمک می کنند. این حیوانات در ورزش، ایجاد شغل، درآمد، تفریح و سرگرمی برای میلیون ها نفر مورد استفاده قرار می گیرند همین امر باعث شده است که در سال های اخیرمطالعات گسترده ای در زمینه ژنتیک و اصلاح نژاد حیوانات اهلی انجام شود. بدیهی است داشتن اطلاعات بیشتر درباره ساختار ژنوم و نحوه عملکرد DNA، RNA و پروتئین کمک زیادی به انجام فرآیندهای اصلاح نژادی می کند. امروزه تجزیه و تحلیل توالی ژنوم یکی از کارهای رایجی است که به وسیله رشته بیوانفورماتیک انجام می شود، یکی از راه های این آنالیز در رشته بیوانفوماتیک مقایسه بین ژنوم های مختلف است. در ژنومیک مقایسه ای، کل ژنوم و یا بخش بزرگی از توالی ژنوم از نظر مشابهت های زیستی پایه، تفاوت ها و همچنین روابط تکاملی بین موجودات مورد مقاسیه قرار می گیرند. در این پژوهش ، به بررسی و مقایسه توزیع فراوانی کدون ها در ژنوم هسته ای، ژنوم میتوکندریایی و توالی mRNA برخی حیوانات اهلی پرداخته شده است. برای این منظور توالی ژنوم های هسته ای، میتوکندریایی و توالی mRNA حیواناتی از جمله مرغ، بوقلمون، گاو، گوسفند، بز، موش، موش صحرایی، اردک ماهی، ماهی تیلاپیا، میمون و انسان از طریق بانک اطلاعاتی NCBI به دست آمد. فرمت فایل های به دست آمده به صورتFASTA بودکه پس از ویراش فایل ها توسط نرم افزار EmEditor، فراوانی ظاهری همه توالی های سه تایی ممکن (کدون ها) با استفاده از بسته seqinr نرم افزار R شمارش شد، سپس فراوانی های به دست آمده به درصد تبدیل شد و به وسیله نرم افزارهایی چون SPSS و Excel مورد بررسی وتجزیه و تحلیل قرار گرفت. در نهایت با توجه به اینکه اطلاعات ژنتیکی به شکل کدون ها یا به عبارتی توالی های سه نوکلئوتیدی هستند که به اسیدهای آمینه ترجمه می شوند فراوانی اسیدهای آمینه در هر سه ژنوم با استفاده از نرم افزارهایی چون SPSS و Excelتجزیه و تحلیل شد. نتایج نشان داد که طول ژنوم هسته ای، ژنوم میتوکندریایی و mRNA ها در حیوانات مختلف متفاوت است و طول ژنوم میتوکندریایی در هر یازده گونه Kbp 16 است. برابری تعداد نوکلئوتید های A با تعداد نوکلئوتیدهای T و تعداد نوکلئوتیدهای C با تعداد نوکلئوتیدهایG در ژنوم هسته ای و توالی mRNA همه حیوانات مورد مطالعه مشاهده شد اما این برابری بین تعداد نوکل