چکیده بیماری شانکر به زخم های موضعی یا ناحیه مرده، اغلب فرو رفته روی سطح ساقه یا تنه گفته می شود که در مواقع بروز تنش-های محیطی شدت آن افزایش یافته و موجب بروز خسارت در سطح باغات می شود. در پژوهش حاضر جداسازی و شناسایی قارچ های دخیل در بروز بیماری شانکر و همچنین جداسازی و شناسایی اندوفیت های قارچی درختان سیب به منظور بررسی امکان کنترل زیستی بیماری شانکر مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت. از نمونه های دارای علائم شانکر و سرخشکیدگی براساس خصوصیات ریخت شناسی و همچنین توالی یابی چندین ناحیه ژنی تعداد 22 جنس و گونه قارچی جداسازی و مورد شناسایی قرار گرفت. مطالعات مولکولی در مورد برخی جدایه ها با استفاده از تکثیر ژن های ITS، act، rpb2 و tef1-a و در تعدادی دیگر فقط با تکثیر ناحیه ITS انجام شد. در این بررسی غالب گونه های قارچی بدست آمده از نمونه های دارای علائم شانکر و سرخشکیدگی متعلق به جنس Cytospora و تیره Botryosphaeriaceae بودند. براساس پژوهش حاضر و از نظر تعداد جدایه و پراکنش، جنس Cytospora با 209 جدایه شامل چهار گونه توصیف شده C. chrysosperma، C. parasitica، C. paratranslucens و C. sorbicola، چهار گونه جدید C. avicennae sp. nov.، C. azerbaijanica sp. nov.، C. ershadii sp. nov. و C. iranica sp. nov. و یک آرایه توصیف نشده Cytospora sp. مهم ترین عامل ایجاد کننده بیماری شانکر سیب در ایران می باشد. تیره Botryosphaeriaceae با تعداد 97 جدایه شامل گونه های Diplodia bulgarica، Botryosphaeria dothidea و Neoscytalidium dimidiatum در ردیف دوم از نظر اهمیت و پراکنش قرار گرفت. جنس ها و گونه های Kalmusia variispora، Schizophyllum commune، Granulobasidium vellereum، Tricharina sp.، Coniolariella limonispora، Cryptosphaeria pullmanensis، Diatrype whitmanensis، Xylaria sp.، Biscogniauxia mediterranea و Sordaria fimicola دیگر عوامل قارچی مرتبط با بیماری شانکر درختان سیب به ترتیب فراوانی بودند. از تمامی گونه های بدست آمده از درختان دارای علائم شانکر و بافت-مردگی بسته به فراوانی و پراکنش تعدادی جدایه انتخاب کرده و آزمون بیماری زایی انجام و اصول کخ اثبات گردید. با توجه به اینکه جدایه های جنس Cytospora و Diplodia bulgarica بیشترین فراوانی و پراکنش را درمیان عوامل ایجاد کننده بیماری شانکر داشتند