در طی دهه های گذشته، گزارش های بسیاری در مورد افزایش و گسترش بیماری پوسیدگی فوزاریومی پیاز که ناشی از قارچ خاکزی Fusarium oxysporum f. sp. cepae (FOC). ثبت شده است. علاوه براین، کنترل این بیماری به دلیل مقاومت ژنتیکی محدود در رقم های پیاز چالش برانگیز می باشد. شناسایی رقم و یا گونه آلیوم مقاوم جهت اصلاح گیاهان پیاز، شناسایی مسیرهای سیگنالی مؤثر در مقاومت به این بیماری و همچنین القاء مقاومت به بیماری پوسیدگی فوزارومی از طریق محلول پاشی برخی از مواد بی خطر، موردنیاز است. در مطالعه حاضر ابتدا رقم های مختلف پیاز ایرانی(قرمز آذرشهر، قولی قصه زنجان، درچه اصفهان، سفید کاشان، سفید قم، سفید خمین، سفید کردستان) ، دو رقم خارجی (تگزاس ارلی گرانو و یلو سویت اسپانیش) و گونه وحشیAllium asarense جهت بررسی مقاومت به بیماری مورد ارزیابی قرار گرفتند. این آزمایش در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار انجام شد. گیاهان با جدایه قارچ FOC با غلظت 106 آلوده شده و بعد از گذشت 90 روز، شدت بیماری دانهال های پیاز موردبررسی قرار گرفت. نتایج این آزمایش نشان داد اکثر ارقام پیاز به بیماری پوسیدگی فوزاریومی حساسسیت داشتند، رحالی که A. asarense مقاومت نشان داد. جهت درک بهتر نقش هورمون های گیاهی و miRNA در فرایند مقاومت گیاه به بیماری در آزمایش دوم بر اساس نتایج به دست آمده از آزمایش اول، میزان بیان ژن های COI1، TIR1 ،ERF1 که مربوط به مسیرهای سیگنالی اسید جاسمونیک، اکسین و اتیلن می باشند و همچنین تأثیر miRNA پیش بینی شده بر روی این ژن ها در رقم حساس و گونه مقاوم جنس آلیوم در هنگام مواجه با قارچ FOC از طریق واکنش Real-time PCR مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد میزان بیان COI1و ERF1 در A. asarense به بیماری پوسیدگی فوزاریومی در هنگام تلقیح گیاهان با عامل بیماری زا، کاهش یافت و در رقم حساس (قرمز آذرشهر) افزایش بیان نشان داد. در بررسی بیان نسبی ژن ها با افزایش بیان miR-5629 بیان رونوشت COI1در نمونه مقاوم کاهش یافت و در رقم حساس با کاهش بیان miR-5629 بیان COI1 افزایش یافت، بنابراین می توان نتیجه گرفت miR-5629ممکن است به عنوان فاکتور کلیدی در مبحث مقاومت تأثیر داشته باشد. آزمایش سوم به منظور بررسی اثر ملاتونین بر القاء مقاومت به بیماری پوسیدگی فوزاریومی صورت گرفت. این تحقیق به صورت آزمایش فاکتوری