استرین های قارچ Trichoderma harzianum به دلیل کاربرد در کنترل بیولوژیک بیماریهای گیاهی و تاثیر بر زندگی بشر، اهمیت فراوانی دارند. در تحقیق حاضر، ساختار فیلوژنتیکی این گونه به دست آمده از مناطق جغرافیایی مختلف و زیستگاه های متنوع در برخی اقلیم های ایران(NC، SCD، CSW) بررسی شد. به منظور بررسی و غربالگری اولیه، انگشت نگاری 239 جدایه به دست آمده از جنس Trichoderma با ستفاده از نشانگر RAPD-PCR انجام گرفت. بر اساس گروه بندی انجام گرفته، تعدادی جدایه از هر گروه به منظور تعیین توالی ناحیهITS1-5.8S-ITS2 از rDNA انتخاب شدند. در مجموع، 176 جدایه از گونه T. harzianum به دست آمد.از این میان، 76 جدایه که برای ناحیه ITS آنها تعیین توالی انجام گرفته بود، با روش ماکسیمم پارسمونی تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شدند. در نتیجه، این جدایه ها در 10 فیلوتیپ ITS جای گرفتند. فیلوتیپ A با یک جدایه(4414) نماینده آلل جدیدی از ITS در گونه T. harzianum میباشد، که بومی ایران است. یافتن این آلل منحصر به فرد در اقلیم CSW در شمال ایران، میتواند بیانگر تاثیر این شرایط اقلیمی در ظهور این آلل جدید در گونه T. harzianum باشد.