جدایه های قارچTrichoderma harzianum s. l. موجوداتی همه جازی و فرصت طلب هستند، که قادر به رشد در بسترها(سوبستراها) و زیستگاههای متنوعی میباشند. این موجودات به دلیل تاثیر بر زندگی بشر از طریق کاربرد در عرصه های مختلف، از جمله صنعت و کنترل بیولوژیک بیماریهای گیاهی، از اهمیت فراوانی برخوردارند. با توجه به تاثیرات استرین های این جنس بر زندگی بشر و به منظور به کارگیری هرچه صحیح تر و موثرتر از پتانسیل آنها در کاربردهای اختصاصی، از جمله کنترل بیولوژیک، شناسایی دقیق و صحیح استرین های آن بسیار حائز اهمیت است. در تحقیق حاضر، ساختار ژنتیکی و فیلوژنی این گونه گرمسیری ساحلی و ارتفاعات بالای 1500 متر(NC)، اقلیم نیمه سردسیری و خشک فلات مرکزی(SCD) و اقلیم نیمه گرمسیری ساحلی و جلگه ای خاص داخلیCSW) (مورد بررسی قرار گرفت. به منظور بررسی و غربالگری اولیه، انگشت نگاری دی.ان.ای 239 جدایه به دست آمده از جنس Trichoderma با کمک نشانگر رپید انجام گردید. بر اساس گروه بندی انجام شده با استفاده از نشانگر رپید، تعدادی جدایه جهت تعیی توالی ناحیهITS1-5.8S-ITS2 و سپس، ناحیه tef1 انتخاب گردید. شناسایی مولکولی گونه ها بر اساس توالی ناحیهITS ، و در موارد معدودی که شناسایی دقیق گونه با استفاده از این ناحیه میسر نبود، بر اساس توالی بخشی از ناحیه translation elongation factor l-alpha(tef1) صورت گرفت. در مجموع، 176 جدایه (74 درصد) از گونه Trichoderma harzianum s. l. شناسایی گردید. در این بین 50 جدایه(28.4 درصد) از هر یک از اقلیم های NC و SCD و 76 جدایه (43.2 درصد) از اقلیم CSW به دست آمدند. به منظور بررسی ساختار ژنتیکی قارچTrichoderma harzianum s. l. در اقلیم های مورد مطالعه با استفاده از نشانگر اس. اس. آر، ابتدا جایگاه های ریزماهواره در ژنوم استرین نئوتیپ harzianum. T یا T. harzianum s. s. – استرین CBS 226.95- شناسایی و جفت آغازگرهای اختصاصی بر مبنای توالی نواحی کناری آنها طراحی گردید. پس از آزمایش اولیه اختصاصیت و کارایی آغازگرها، دو جایگاه ریزماهواره با نام هایTh5 و Th36جهت مطالعه ساختار ژنتیکی قارچ T. harzianum s. l. انتخاب گردیدند. تنها جایگاه ریزماهواره معرفی شده در جنس قارچTrichoderma توسط سایر محققین، با نامMS-Ta4 نیز در این مطالعه به کار گرفته شد. از بین 176 جدایه T. harzianum s. l. ، 100 جدایه ک