مقدمه: آلودگی خاک به فلزهای سنگین سرب و روی پیرامون کانسارهای این فلزها باعث دگرگونی ساختار، پیچیدگی، گوناگونی و کارکرد ریزجانداران خاک مانند باکتری ها می شود. مواد و روش ها: برای بررسی پیامد آلودگی معدن سرب و روی باما در اصفهان بر گوناگونی ریزجانداران خاک های پیرامون خود از روش نشانگر مولکولی موسوم به انگشت نگاری PCR-DGGE بهره گیری شد. 9 نمونه از خاک های معدن باما با میزان آلودگی های کم تا زیاد برداشت شدند و پس از استخراج DNA هریک از خاک ها، ناحیۀ 468 جفت بازی درون ژن 16SrRNA با PCR تکثیر شد. سپس الکتروفورز DGGE انجام شد و اثر انگشت های باکتریایی روی ژل به دست آمدند و برای برآورد گوناگونی ریزجانداران بهره برداری شدند. همچنین با اندازه گیری تنفس پایه (BR) و برانگیختۀ (SIR) خاک و محاسبۀ بهرۀ متابولیک، تغییرات کارکرد ریزجانداران خاک بررسی شد. نتایج: پیچیدگی و گوناگونی باکتری های خاک با افزایش مقدار در دسترس فلزهای سنگین سرب و روی کاهش می یابد و ساختار و گوناگونی آنها دگرگون می شود. فراوانی نسبی باکتری های پایدارتر با افزایش آلودگی خاک به فلزهای یادشده افزایش می یابد. آلودگی خاک کارکرد باکتری ها را کاهش می دهد؛ به طوری که تنفس برانگیختۀ خاک کاهش می یابد. تنفس برانگیخته و بهرۀ متابولیک پاسخ نمایان تری به آلودگی خاک می دهند و برای سنجش چگونگی خاک بهتر از تنفس پایه هستند. بحث و نتیجه گیری: اگرچه گوناگونی باکتریایی با افزایش آلودگی کاهش معناداری نشان می دهد در خاک های بسیار آلوده شاهد گوناگونی به نسبت زیادی هستیم و علت آن احتمالاً مدت زمان زیاد آلودگی خاک است؛ زیرا فرصت کافی برای باکتری ها وجود داشته است تا به این آلودگی سازگار شوند و باکتری های پایدار در خاک های آلوده تکثیر شوند. این توانایی سازگاری باکتری ها و کارکردهای مهم بوم شناختی که در تنش فلزهای سنگین ایفای نقش می کنند بسیار ارزشمند هستند و انجام پژوهش های بیشتر دربارۀ آنها را پیشنهاد می کنند.