گیاهان دارویی از زمان های گذشته در زندگی مردم شناسایی شده و بکاررفته اند. گیاهان توانایی ساخت دامنه گسترده ایی از ترکیب های شیمیایی را دارند که برای انجام کارکردهای زیستی بکار می روند. این پژوهش با هدف شناخت گوناگونی و فراوانی باکتری های ریزوسفری، پلانوسفری، هیستوسفری، درون برگ و فیلوسفری شماری از گیاهان دارویی انجام شد. نمونه برداری از 4 گیاه دارویی از گلخانه دانشگاه بوعلی سینا در فصل پائیز (آلوئه ورا، گاوزبان ایرانی، شمعدانی عطری و اسطوخودوس) و 7 گیاه دارویی از باغ گیاهان دارویی بوعلی سینا در همدان در فصل پائیز (نعناع، مریم گلی، رزماری، آویشن، بارهنگ، ختمی طبی و سنبل الطیب) و 20 گیاه دارویی از باغ گیاهان دارویی در فصل بهار (باباآدم، کاسنی، گاوزبان ایرانی، گاوزبان اروپایی، برنجاسف، آرتیشو، چای کوهی، نعناع، مریم گلی، ملیس، مریم گلی پنبه ایی، رزماری، اسطوخودوس، مرزه، بارهنگ، انگشتانه، اسپرزه، گل ختمی طبی و سنبل الطیب) انجام شد. شمارش ریزجانداران ریزوسفری، پلانوسفری، هیستوسفری، درون برگ و فیلوسفری با ساخت سوسپانسیون آنها و روش پرگنه شماری انجام شد. شمارش همه باکتری ها در دو کشتگاه نوترینت آگار (NA) و تی اس آی (TSI)، باکتری های روده ای در کشتگاه ائوزین متیلن بلو آگار (EMB)، تثبیت کننده های ازت آزادزی هتروتروف در کشتگاه ال جی (LG)، سودوموناس ها در کشتگاه پی اس آی (PSI)، باکتری های سلولولیتیک در کشتگاه سلولولیتیک (CM)، اکتینومیست ها در کشتگاه رزبنگال نشاسته کازئین نیترات آگار (RBSCNA )و شمارش قارچ ها نیز در کشتگاه پی دی ای (PDA) به روش پرگنه شماری انجام شد و لگاریتم فراوانی یگان های سازنده پرگنه در واحد وزن هر نمونه (logCFU gr-1) برآورد و گزارش شد. پژوهش ها نشان داد که در میان گیاهان گلخانه دانشگاه بوعلی سینا گیاه شمعدانی عطری کمترین باکتری ها را درون برگ خود داشت ولی گیاه آلوئه ورا در بخش های گوناگون بویژه درهیستوسفر خود بالاترین فراوانی باکتری ها (1/8<(logCFU gr-1) راداشت. در میان بخش های گوناگون گیاه روی همرفته فراوانی باکتری ها دردرون برگ گیاهان کمترین و درهیستوسفر گیاهان بیشترین بود و جای شگفتی بود که در فیلوسفر این گیاهان هیچ یک از ریزجانداران بررسی شده در اندازه شمارش شدنی نبود. در بررسی گیاهان باغ گیاهان دارویی در فصل پاییز دیده شده که گیاه آویشن کمترین باکتری ها