موش تپه در میان بافت مسکونی شمال شهر همدان و در خط مستقیم در 5 کیلومتری شمال تپه هگمتانه قرار گرفته است. در سال 1367 با آغاز ایجاد شهرک مدنی، این سایت در بین بافت شهری قرار گرفت و به شدت آسیب دید. ابعاد باقی مانده تپه در حدود 900 متر مربع، پس از آن مورد کاوش باستان شناسی قرار گرفت. کاوش در سال 1381 آغاز و به مدت چهار فصل تا 1384 ادامه یافت که بنایی خشتی در آن کاوش گردید که تشابه زیادی به بخش انبارهای تپه نوشیجان دارد.