عبدالکریم چهرگانی راد

چکیده بلوبری (Vaccinium corymbosum L.) درختچه ای با میوه با ارزش اقتصادی بالا است. مصرف بلوبری در سال های اخیر افزایش یافته است که بخشی از آن به دلیل فواید قابل توجه آن بر سلامتی انسان است. میوه بلوبری سرشار از متابولیت های ثانویه است که فعالیت ضد سرطانی و کاهش خطر بیماری های قلبی مرتبط است. با این حال، منابع ژنومی بسیار کمی برای بلوبری در دسترس بوده است. توسعه بیشتر منابع ژنومی مانند بررسی ژن های دخیل در مراحل تکوینی و شناسایی فعالیت و مسیر عملکردی ژن های مختلف می تواند منجر به بهبود ژنتیکی سریع تر شود. در طول رشد و رسیدن میوه، هزاران ژن با بیان متفاوت از مسیرهای متابولیک مختلف باعث ایجاد یک سری تغییرات فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی می شوند. در این مطالعه، با هدف شناسایی ژن های دخیل در مرحله تکوینی میوه تجاری بلوبری رقم Bluerain از RNA-seqهای موجود در بانک اطلاعاتی NCBI استفاده شد. این SRAها در سه مرحله تکوینی و هریک دارای سه تکرار بودند. همچنین در بخش دیگر این مطالعه از رقم دیگر این میوه (Chandler) نیز جهت انجام مطالعات ترنسکریپتومیکس و نیز شناسایی ژن های دارای تفاوت بیان معنا دار در تکوین میوه بلوبری در این رقم استفاده شد و برای درک بهتر مکانیسم زیربنایی رشد میوه، توالی یابی RNA-seq Illumina برای ارزیابی تغییرات سطوح رونویسی ژن های بیان شده در طی رشد میوه، مورد استفاده قرار گرفت و پس از یافتن توالی ها، آنالیزهای بیوانفورماتیکی با هدف یافتن ژن های کلیدی تکوین میوه انجام شد. بعبارتی توالی های رونویسی از میوه بلوبری در مراحل مختلف نموی (میوه کال، میوه نیمه رس و میوه رسیده) توسط نسل بعدی توالی یابیIllumina تولید شدند. هر دو توالی های استخراج شده از بانک های اطلاعاتی و توالی های تولید شده با ژنوم مرجع مونتاژ شدند و توالی های نقشه برداری شده با ژنوم مرجع با استفاده از HTseq-count کانت شدند. ژن های با تفاوت بیان معنا دار دخیل در تکوین میوه شناسایی شدند و نهایتاً حاشیه نویسی شده و از نظر عملکردی هستی شناسی شدند. بیش از 30 میلیون قرائت با کیفیت بالا در هریک از سه دوره رشد میوه توالی یابی شدند و نهایتاً ژن های افتراقی با مقایسه هر دو مرحله رشدی با یکدیگر بدست آمد. تعداد زیادی از DEG (Differentially expression genes) ها در اتصالات آهن، سیگنال دهی و نیز در تنطیم دیواره سلولی نقش