تنوع و ساختار ژنتیکی 6 جمعیت گیاه زوفا با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR ارزیابی شد. جمعیت ها شامل 5 جمعیت بومی از ایران (اراک، شیراز، مشهد، اصفهان1، اصفهان2) و یک جمعیت از کشور سوئد بود. از 18 آغازگر ISSR به کار رفته، 126 باند ایجاد شد که 119 باند چند شکل بودند. تجزیه خوشه ای بر پایه ماتریس تشابه ژنتیکی جاکارد، نمونه ها را به 6 گروه تقسیم نمود. تجزیه به مختصات اصلی (PCOA)، نتایج تجزیه خوشه ای را تأیید نمود. بیش ترین تشابه ژنتیکی بین دو جمعیت اصفهان1 و مشهد و کم ترین آن بین جمعیت اراک و سوئد مشاهده شد. تنوع درون جمعیت ها با استفاده از میانگین شاخص تنوع ژنی نی (h) و شاخص اطلاعاتی شانون (I) آنالیز شد. بیش ترین و کم ترین تنوع ژنتیکی درون جمعیت به ترتیب در جمعیت اصفهان1 (24/0=h و 36/0=I) و مشهد (14/0=h و 21/0=I) مشاهده شد. میانگین آلل های مؤثر (Ne) به آلل های مشاهده شده (Na) 85/0 بود. بر اساس نتایج آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) میانگین شاخص های Gst (تفرق ژنی) و Dst (تنوع ژنتیکی بین جمعیت) به ترتیب 38/0 و 12/0 به دست آمد که نشان دهنده تمایز ژنتیکی بالا بین جمعیت ها بود. تجزیه واریانس مولکولی بین جمعیت ها نشان داد 61% تنوع ژنتیکی کل مربوط به درون جمعیت ها و 39% بین جمعیت ها بود. در بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها با استفاده از نرم افزار STRUCTURE جمعیت ها چهار گروه شدند که جمعیت سوئد خالص ترین بود. نشانگرهای ISSR استفاده شده درصد بالایی از چندشکلی را نشان دادند و جمعیت ها را به خوبی تفکیک کردند لذا جهت شرح تفاوت های ژنتیکی درون و بین جمعیت های زوفا پیشنهاد می شود.