به طورکلی، استخراج DNA ژنومی با کمیت و کیفیت مناسب از گیاهان دارویی به دلیل بیوسنتز مقادیر بالایی از متابولیت های ثانویه با مشکلات زیادی همراه است. از طرف دیگر، برای انجام مطالعات زیست شناسی مولکولی نیاز به استخراج موفقیت آمیز DNA ژنومی با درجه خلوص بالا می باشد. از اینرو، در این آزمایش چهار روش استخراج DNA شامل موری و تامپسون (1980)، دلاپورتا و همکاران (1983)، دویل و دویل (1990) و زیگن هاگن و همکاران (1993) از نمونه های برگی تازه و خشک گیاهان رزماری، اسطوخودوس، گل ارونه، زرین گیاه و کاکوتی به منظور گزینش بهترین روش موردبررسی و ارزیابی قرار گرفتند. پس از آنالیز کمی و کیفی DNA ژنومی استخراج شده با استفاده از روش های اسپکتروفتومتری و الکتروفورز در ژل آگارز، تکثیر نمونه های DNA با استفاده از دو آغازگر مربوط به نشانگر ISSR در واکنش زنجیره ای پلیمراز نیز موردبررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که روش تغییر یافته موری و تامپسون به دلیل غلظت بالای DNA ژنومی استخراج شده (57/570 نانوگرم بر میکرولیتر)، کیفیت بهتر (80/1) و صرف هزینه و زمان کم تر می تواند به عنوان مؤثرترین روش استخراج برگزیده شود. همچنین، کمیت و کیفیت DNA ژنومی نمونه های برگی تازه از گیاهان دارویی موردمطالعه در مقایسه با نمونه های خشک بالاتر بود. علاوه بر این، الگوی بانددهی ایجاد شده توسط ژل اگارز 1% و PCR نیز نتایج یکسانی نشان داد. بر این اساس، روش استخراج موری و تامپسون (1980) جهت استخراج DNA نمونه های برگی تازه و خشک از گیاهان دارویی مشابه که حاوی متابولیت های ثانویه بالا می باشند، قابل توصیه است.