گل محمدی (Rosa damascena)، یکی از مهم ترین گونه های رز و از قدیمی ترین گیاهان دارویی و معطر جهان است. تکثیر این گیاه از طریق غیرجنسی است، با این وجود، به دلیل تنوع در بوته های مادری اولیه، این سوال مطرح است که آیا توده های کشت شونده این گیاه در ایران، همه کلون هستند؟ یا دارای تنوع ژنتیکی نیز می باشند؟ در این تحقیق، تنوع و ساختار ژنتیکی 6 توده گل محمدی از استان کاشان (برزوک، نیاسر، آذران، کلپه، خیرآباد و آهسته) و یک توده از همدان (بهار)، در مجموع 54 گیاه، به وسیله 9 نشانگر ISSR و 9 نشانگر RAPD مورد پیمایش ژنتیکی قرار گرفتند. آغازگرهای ISSR در مجموع77 باند تولید کردند که 61 باند چند شکل (79%) بودند. آغازگرهای RAPD نیز 81 باند تولید کردند که 54 باند چند شکل (66%) بودند. تجزیه خوشه ای نمونه های گل محمدی (54 گیاه) را به 8 گروه تقسیم نمود. تنوع درون توده ها با استفاده از میانگین شاخص تنوع ژنی نی (h) و شاخص اطلاعاتی شانون (I) با نرم افزار POPGENE مورد بررسی قرار گرفت. بیش ترین تنوع ژنتیکی در توده همدان (13/0=h و19/0=I) و کم ترین در توده آذران (07/0=h و10/0=I) مشاهده شد. میانگین نسبت آلل های مؤثر (Ne) به آلل های مشاهده شده (Na) در میان کل توده ها برابر با 91/0 بود. هم چنین برای بررسی تنوع ژنتیکی بین توده ها و واریانس مولکولی (AMOVA) از دو نرم افزار POPGENE وGENE ALEX استفاده شد. تمایز ژنتیکی نسبتا پایینی )11/0= (Gst در بین توده ها مشاهده شد. تنوع ژنتیکی درون توده ها نیز نسبتا پایین بود)16/0= (Hs. میزان جریان ژنی(Nm) به دست آمده بین توده های گل محمدی مورد مطالعه 97/3 بود. در بررسی ساختار توده با استفاده از نرم افزار STRUCTURE، توده های گل محمدی مورد مطالعه به4 زیرگروه ژنتیکی تقسیم شدند. شاخصهای محاسبه شده در این پژوهش، نشان داد که با وجود تکثیر غیر جنسی گیاه در سالیان متمادی، یک میزان اندکی از تنوع ژنتیکی در توده ها مشاهده می شود.
