شناخت و آگاهی از تنوع ژنتیکی و شیمیایی در یک گونه گیاهان دارویی برای حفاظت از منابع ژنتیکی و همچنین استفاده از روش اصلاحی مناسب به منظور بهبود صفات اقتصادی مهم است. زوفا با نام علمی Hyssopus officinalis یک گیاه دارویی معطر از خانواده نعناعیان است. در مطالعه حاضر 6 جمعیت از این گیاه (هر جمعیت 10 گیاه) با استفاده از برخی صفات فیتوشیمیایی و نشانگرها ی مولکولی ISSR مورد ارزیابی تنوع ژنتیکی قرار گرفتند. جمعیت ها شامل 5 جمعیت بومی از ایران (اراک، شیراز، مشهد، اصفهان، اصفهان) و یک جمعیت از سوئد بود. نتایج تجزیه واریانس داده های فیتوشیمیایی نشان داد که بین جمعیت ها از نظر میزان فنل کل و ظرفیت آنتی اکسیدانی تفاوت معنی داری (p<0.05) وجود داشت اما بین جمعیت ها از نظر میزان فلاونوئید تفاوت معنی داری مشاهده نشد. از لحاظ میزان اسیدهای فنلیک نیز بین جمعیت ها تفاوت معنی داری بدست آمد. بالاترین میزان فنل مربوط به جمعیت سوئد و به مقدار 52/4 میلی گرم گالیک اسید در یک گرم بافت برگ بود. بیشترین درصد بازدارندگی رادیکال آزاد نیز در جمعیت سوئد مشاهده شد که 72/93% بود. اسید فنلیک غالب در جمعیت های زوفا کلروژنیک اسید بود که در جمعیت شیراز به میزان 67/1 میلی گرم در گرم وزن خشک بود. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، از 18 آغازگر ISSR استفاده شد که در مجموع 126 باند ایجاد شد که 119 باند چند شکل بودند. تجزیه خوشه ای بر پایه ماتریس تشابه ژنتیکی جاکارد و با روش UPGMA نمونه های زوفا را به 6 گروه تقسیم نمود. نتایج تجزیه به مختصات اصلی (PCOA)، نتایج تجزیه خوشه ای را تا حد زیادی تأیید نمود. بیشترین تشابه ژنتیکی بین دو جمعیت اصفهان1 و مشهد و کمترین آن بین جمعیت اراک و سوئد مشاهده شد. تنوع درون جمعیت ها با استفاده از میانگین شاخص تنوع ژنی نی (h) و شاخص اطلاعاتی شانون (I) با نرم افزار POPGENE آنالیز و مورد بررسی قرار گرفت. بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی درون جمعیت به ترتیب در جمعیت اصفهان1 (24/0=h و 36/0=I) و مشهد (14/0=h و 21/0=I) مشاهده شد. میانگین آلل های مؤثر (Ne) به آلل های مشاهده شده (Na) 85/0 بود. همچنین برای بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و واریانس مولکولی (AMOVA) از دو نرم افزار GENEALEX و POPGENE استفاده شد. میانگین شاخص های Gst (تفرق ژنی) و Dst (تنوع ژنتیکی بین جمعیت) به ترتیب 38/0 و 12/0 بدست آمد که