سماق (Rhus coriaria L.) یکی از گیاهان دارویی از خانواده پسته می باشد که در ایران می روید و میوه ی آن خاصیت درمانی دارد. در مطالعه ی حاضر شش جمعیت بومی سماق (در مجموع 60 نمونه) از پنج استان مورد مطالعه قرار گرفت. از نشانگر های مولکولی ISSR به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت سماق استفاده شد. از 21 آغازگر به کار برده شده در این مطالعه، 190 باند با وضوح بالا به دست آمد که 132 باند (4/69 درصد) چندشکل بودند. تجزیه ی خوشه-ای بر اساس ماتریس تشابه ژنتیکی جاکارد و با روش UPGMA، نمونه های سماق را به 5 گروه تقسیم نمود. روش تجزیه به مختصات اصلی (PCOA)، نتایج تجزیه ی خوشه ای را تا حد زیادی تأیید نمود. تنوع درون جمعیت ها با استفاده از میانگین شاخص تنوع ژنی نی (h) و شاخص اطلاعاتی شانون(I) با نرم افزار POPGENE آنالیز و مورد بررسی قرار گرفت. بیش ترین و کم ترین تنوع ژنتیکی درون جمعیت به ترتیب در جمعیت اسدآباد (085/0h= و 13/0I=) و شازند (06/0h= و 09/0I=) مشاهده شد. میانگین آلل های مؤثر (Ne) به آلل های مشاهده شده (Na) برابر 93/0 بود. بررسی ها بر اساس این میانگین در هر جمعیت نشان داد که جمعیت ها دارای توزیع ژنی متعادل بودند. هم چنین برای بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و واریانس مولکولی (AMOVA) از دو نرم افزار POPGENE و GENE ALEX استفاده شد. میانگین شاخص های Gst و Nm که میزان تفرق ژنی و جریان ژنی بین جمعیت ها را نشان می دهد به ترتیب 614/0 و 315/0 به دست آمد که بیانگر یک تبادل ژنی کم بین شش جمعیت مورد مطالعه ی سماق می باشد. تجزیه ی واریانس مولکولی جمعیت ها نشان داد که 62 درصد تنوع ژنتیکی شناسایی شده مربوط به بین جمعیت ها و 38 درصد درون جمعیت ها می-باشد. با توجه به داده های حاصل از تشابه ژنتیکی نی در دامنه ای از 89/0-81/0، یافته ها نشان دادند که جمعیت اسدآباد با تویسرکان دارای بیش ترین تشابه ژنتیکی هستند و جمعیت ایلام با تویسرکان بیش ترین فاصله ی ژنتیکی را دارند. در بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها با استفاده از نرم افزار STRUCTURE جمعیت ها به 5 خوشه ی زیر جمعیتی تقسیم شدند. با وجود برداشت این گیاه از عرصه های طبیعی، نتایج مطالعه ی حاضر، حاکی از وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان جمعیت های مورد بررسی بود. نتایج نشان داد که استفاده از نشانگر ISSR یک روش کارآمد و قدرتمند مولکولی در بررسی تنوع ژ