گیاه بن سرخ (Allium jesdianum) متعلق به خانواده ی Alliaceae است. این گیاه از سبزی های وحشی، پیازی و بومی ایران می باشد. از بخش های هوایی آن برای درمان دردهای شکمی، روماتیسم و سنگ کلیه استفاده می شود .کارهای اصلاحی بر روی بن سرخ انجام نشده است و هیچ رقم خاصی وجود ندارد و به دلیل جمع آوری آن از طبیعت توسط افراد بومی احتمال نابودی آن وجود دارد و ممکن است ذخایر ژنتیکی آن کم و کمتر شود و در نهایت از بین برود. در مطالعه حاضر هقت جمعیت بومی گیاه بن سرخ گیاه (مجموعا 70 نمونه) از سه استان کشور مورد مطالعه قرار گرفت. از نشانگرهای مولکولی ISSR جهت بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت بن سرخ استفاده شد. از تعداد 14 آغازگر بکار برده شده در این مطالعه 94 باند با وضوح بالا بدست آمد که 84 عدد از این باندها (4/91%) چند شکل بودند. تجزیه ی خوشه ای بر پایه ماتریس تشابه ژنتیکی جاکارد و با روش UPGMA، نمونه های بن سرخ را به 8 گروه تقسیم نمود. روش تجزیه به مختصات اصلی (PCOA)، نتایج تجزیه خوشه ای را تا حد زیادی تأیید نمود.مقدار تشابه ژنتیکی ژنوتیپ ها در دامنه ای از صفر تا 75/0 بدست آمد که بیشترین(75/0) مربوط به دو نمونه از جمعیت سقز و کمترین شباهت ژنتیکی (صفر) متعلق به یک نمونه از جمعیت اراک با دو نمونه از جمعیت مهاباد مشاهده شد .در بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها با استفاده از نرم افزار STRUCTURE جمعیت ها به چهار خوشه تقسیم شدند.آغازگر IS5 با شاخص نشانگری MI))، 41/2، آغازگر IS24 با قدرت تفکیک(Rp)، 49/6 و آغازگر IS20 با میانگین اطلاعات چند شکل(PIC)، 36/0 به عنوان آغازگرهای برتر در این مطالعه شناخته شدند. نتایج نشان می دهد استفاده از نشانگر ISSR یک روش کارآمد و قدرتمند مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی می باشد. نتایج مطالعه حاضر حاکی از وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان نمونه های مورد بررسی بود. یافته های این پژوهش میتواند در برنامه های به نژادی بن سرخ در آینده به ویژه روش های مبتنی بر تلاقی شد برد.