چای کوهی با نام علمیStachys lavandulifolia متعلق به خانواده نعناعیان Lamiaceae است که در مناطق مختلف ایران رویش دارد. چای کوهی گیاهی است علفی پایا با بوته های کوتاه به ارتفاع 20-60 سانتی متر و ساقه های کرکدار.گل های معطر این گیاه به صورت سنبله ای از گلهای ریز صورتی مایل به سرخ رنگ است. عصاره بخش هوایی این گیاه در طب سنتی ایران در درمان عفونت،آسم و بیماری های التهابی به خصوص روماتیسم استفاده می شود (ربانی و همکاران, 2003). این گیاه علاوه بر اثرات ضد میکروبی دارای خاصیت ضددرد به ویژه دردهای مفصلی، روماتیسمی،سردرد، سرگیجه و دردهای عصبی است (مرتضی سمنانی و همکاران, 2006). ترکیبات فعال این گیاه که دارای فعالیت بیولوژیکی هستند شامل فنیل اتانوئیدترپنوئیدها و فلاونوئیدها می باشند (جاویدنیا و همکاران(2006,از جمله ترکیبات دیگر گیاه می توان به میرسن(20درصد)،آلفاپینن(18درصد)،کامازولن(2/ 13درصد) و اژنول(7درصد) در اسانس اشاره کرد(صفایی.(2010, امروزه در صنعت داروهای گیاهی و همچنین اصلاح گیاهان دارویی، مواد اولیه گیاهی بسیار مهم می باشند. بنابراین در جمعیت های موجود یک گونه دارویی، بررسی تنوع بسیار ضروری خواهدبود. منابع ژنتیکی بومی از یک گونه در یک منطقه غنی از ژن های مفید برای اصلاح آن گونه می باشند که این ژن ها طی قرن های متمادی به وجود آمده اند (پانک.(2007,جهت بررسی تنوع ژنتیکی می توان از انواع نشانگرهای مورفولوژیکی و بیوشیمیایی استفاده کرد ولی به دلیل میزان چندشکلی کمتر و همچنین محدود بودن تعداد نشانگرهای مورفولوژی و بیوشیمیایی و متاثر بودن از عوامل محیطی، کاربرد این نشانگرها محدود است. نشانگرهای مبتنی بر دی.ان.ای دارای قدرت تمایز بیشتری هستند (نقوی̦.(1388,یکی از نشانگرها که در مطالعات تنوع ژنتیکی گیاهان دارویی به کاربرده می شود ISSR است. ̦این نشانگر دارای تکرارپذیری و چندشکلی بالایی است (پرادیپ ردی و همکاران.(2002,در این پژوهش تنوع و ساختار ژنتیکی درون و بین جمعیتی چای کوهی̦ برای استفاده در برنامه های به نژادی این گیاه دارویی¸مورد مطالعه قرار خواهد گرفت.
