احمد احمدی

در این مطالعه عملکرد روش جنگل تصادفی (Random Forest, RF) در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور، ژنومی متشکل از 1 کروموزوم به طول یک مورگان که بر روی آن 1000 SNP با فراوانی اولیه یکسان 5/0 توزیع شده بود برای به ترتیب 250 و 1000 فرد شبیه سازی شد. در ادامه جهت ایجاد فایل اطلاعات حاوی ژنوتیپ های از دست رفته، اطلاعات ژنوتیپی به ترتیب 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% از SNPها از ماتریس ژنوتیپی حذف شده و مجدداً توسط روش RF بازیابی شدند. درصد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده (نسبت تعداد ژنوتیپ های به درستی بازیابی شده به کل ژنوتیپ های از دست رفته) به عنوان شاخصی از صحت بازیابی ژنوتیپ در سناریوهای مختلف مورد استفاده قرار گرفت. صحت بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته با استفاده از روش RF قابل توجه بود به طوری که در سناریو جمعیتی شامل 1000 فرد با افزایش درصد ژنوتیپ های از دست رفته تا 25%، RF با صحتی در حدود 90% ژنوتیپ های از دست رفته را بازیابی نمود. در سناریوهای50%، 75% و 90% ژنوتیپ از دست رفته صحت بازیابی ژنوتیپ کاهش یافت. با افزایش تعداد افراد جمعیت از 250 به 1000 فرد صحت بازیابی ژنوتیپ افزایش یافت، به طوریکه در جمعیت شامل 250 فرد صحت بازیابی ژنوتیپ در سناریو های 5%، 10%، 25%، 50%، 75% و 90% ژنوتیپ از دست رفته به ترتیب برابر 85/0، 84/0، 78/0، 71/0، 61/0 و 56/0 بود اما در جمعیت شامل 1000 فرد صحت بازیابی ژنوتیپ برابر 94/0، 93/0، 89/0، 82/0، 7/0 و 59/0 بود. با توجه به توانایی بالای روش RF در بازیابی ژنوتیپ های از دست رفته، این روش برای طرح های انتخاب ژنومی پیشنهاد شد.