احمد احمدی

بر خلاف مرغ که اطلاعات ژنومی آن کامل است، اطلاعات ژنتیکی زیادی در رابطه با بلدرچین در دسترس نیست. با توجه به شباهت های ژنتیکی بلدرچین ژاپنی با مرغ و تکمیل نقشه ژنومی مرغ، توالی ژنومی تطبیقی آن و همولوژی مرغ با از جمله بلدرچین می تواند مورد مطالعه قرار بگیرند و نقشه ژنومی آن تهیه شود. هدف از این تحقیق بررسی همسانی ژنوم بلدرچین ژاپنی و مرغ بر اساس توالی DNA بود. برای این منظور بخشی از توالی DNA ژنومی تعداد 78 قطعه بلدرچین ژاپنی توالی یابی شده با روش توالی یابی چندگانه با دستگاه HiSeqTM 2000 سیستم ایلومینا و توالی ژنوم مرغ ثبت شده در سایت NCBI استفاده شد. مقایسه توالی DNA بلدرچین با ژنوم مرغ با نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.04 انجام شد. با خود سرهم کردن توالی های DNA نمونه های مختلف بلدرچین ژاپنی که 1070 میلیون خوانش 95 بازی بود، 73/68 درصد از توالی ها همتراز شد. نتیجه بررسی ها نشان داد که حجم توالی DNA تهیه شده مرجع خام بلدرچین Mb4/103 در 1023877 کانتیگ با متوسط طول bp 101 با متوسط همپوشانی 675 تکرار تولید شد. بعد از فیلتر کردن، توالی جامع معتبر بخشی از ژنوم بلدرچین به طول Mb 93/29 با همپوشانی حداقل 6 تکرار ایجاد شد. نقشه یابی توالی جامع تهیه شده بلدرچین بر روی توالی کل ژنوم مرغ (کروموزوم ها 1-28، W و Z) حدود 19/83 درصد همسانی داشت. مجموع طول کل توالی بلدرچین نقشه یابی شده روی ماکروکروموزوم های مرغ برابر با 16160962 جفت باز بود که این مقدار برابر با 09/60 درصد ژنوم مرجع تهیه شده بلدرچین را تشکیل می داد. میزان شاخص همولوژی یا نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین ژاپنی در کل ماکروکروموزوم ها بر اساس توالی DNA 59/76 درصد بدست آمد که بیشترین نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین در روی ماکروکروموزوم های 3، 4 و Z به ترتیب برابر با 88/92، 23/92 و 11/83 درصد بدست آمد و کم ترین درصد مشابهت ژنومی در روی ماکروکروموزم جنسی W مرغ (55/10%) شناسایی شد. همچنین مجموع طول توالی بلدرچین نقشه یابی شده روی میکرکروموزوم های مرغ برابر با 10379482 جفت باز بود که این مقدار برابر با 62/38 درصد ژنوم مرجع تهیه شده بلدرچین را تشکیل می داد. میزان شباهت ژنومی یا شاخص همولوژی بر اساس توالی DNA در کل میکروکروموزوم های مرغ و بلدرچین 80/55 درصد بدست آمد که بیشترین نسبت مشابهت ژنومی بین مرغ و بلدرچین